記得第一次按照busco還是v2,那時候還沒有用conda包管理器，現在很方便了，如下：
1，安裝：
conda install -c bioconda -c conda-forge busco=4.0.6 or
conda create -n your_env_name -c bioconda -c conda-forge busco=4.0.6 python=3.x
conda activate your_env_name
2，報錯：
如果你的環境是干凈的那么activate后直接busco -h如果沒有報錯，就可以跳過這部分；
如果你的環境不止一個py3 或是還安裝過 py3的numpy or biopython ..... 可能會遇到如下:Unable to find module _aligners. Please make sure it is installed. See the user guide and the GitLab issue board (https://gitlab.com/ezlab/busco/issues) if you need further assistance.
是的請查看如下截圖：所有信息都被else了，哈哈哈，也就是說你也不知道哪里有問題，biopython，numpy也安裝了，在https://gitlab.com/ezlab/busco/issues也搜不到答案，就是這么酸爽。。。。
3，查原因
沒辦法，版本更行的太快，每個人遇到的問題各異，只能傻瓜式找錯了（畢竟你用別人的東西），一個一個在python命令行下import了，。。。。。。
找到了：
最后在https://github.com/numpy/numpy/issues發現自己裝了多個版本numpy，但是程序不知道用哪一個了？？怎么說呢，py的不兼容性導致PATHONPATH太多了，py凌亂了。。。。。
嘗試了各種安裝，安裝了各種成功
但是。。。。
你就是不能用。。。。。。這個安裝ok的版本 ？？？
怎么辦？不能刪原來的版本，原來版本有原來的pipeline。。。。。。
方法千萬種，我選了一個最簡單，最傻瓜式的，畢竟這么一個小軟件排錯排了快一個小時了，得不償失，，，，，，，
把conda 安裝busco的numpy卸載掉，或是在site-packages下面rm -r numpy* source ~/.bashrc ，直接用原來版本的numpy就可以了，
安裝軟件是個坑，坑你沒商量，沒脾氣，坑你想砸機器。。。。。。。
4，busco新功能
軟件由最開始的script，包裝一下變成package,然后系統目錄下busco -h ,pack的水平各異，這里不再贅述，
看截圖，記得以前就分幾個大類，看現在多牛逼：
166個物種，分類更加細了，更規范了，更牛逼了。。。。
但是，你以為你需要所有都下載嗎？那么你就out.....
你更想不到的是v4.0.6可以自己自動識別lineages不用你手動了，自動解放生產力，自動好啊，但是，自動讓我們下崗。。。
tips:
1,busco --list-datasets看看多少物種可以用
2,自動：
busco -m MODE -i INPUT -o OUTPUT --auto-lineage
busco -m MODE -i INPUT -o OUTPUT --auto-lineage-prok
busco -m MODE -i INPUT -o OUTPUT --auto-lineage-euk
這酸爽的停不下來了，哈哈，but,,,,,,
if你的網速太差，你還是可以手動的，記得脫機工作，--offline，並手動下載lineages single copy gene文件
好了，好累。。。。。。
拜拜。。。。。
ref:BUSCO 官網： https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html