记得第一次按照busco还是v2,那时候还没有用conda包管理器，现在很方便了，如下：
1，安装：
conda install -c bioconda -c conda-forge busco=4.0.6 or
conda create -n your_env_name -c bioconda -c conda-forge busco=4.0.6 python=3.x
conda activate your_env_name
2，报错：
如果你的环境是干净的那么activate后直接busco -h如果没有报错，就可以跳过这部分；
如果你的环境不止一个py3 或是还安装过 py3的numpy or biopython ..... 可能会遇到如下:Unable to find module _aligners. Please make sure it is installed. See the user guide and the GitLab issue board (https://gitlab.com/ezlab/busco/issues) if you need further assistance.
是的请查看如下截图：所有信息都被else了，哈哈哈，也就是说你也不知道哪里有问题，biopython，numpy也安装了，在https://gitlab.com/ezlab/busco/issues也搜不到答案，就是这么酸爽。。。。
3，查原因
没办法，版本更行的太快，每个人遇到的问题各异，只能傻瓜式找错了（毕竟你用别人的东西），一个一个在python命令行下import了，。。。。。。
找到了：
最后在https://github.com/numpy/numpy/issues发现自己装了多个版本numpy，但是程序不知道用哪一个了？？怎么说呢，py的不兼容性导致PATHONPATH太多了，py凌乱了。。。。。
尝试了各种安装，安装了各种成功
但是。。。。
你就是不能用。。。。。。这个安装ok的版本 ？？？
怎么办？不能删原来的版本，原来版本有原来的pipeline。。。。。。
方法千万种，我选了一个最简单，最傻瓜式的，毕竟这么一个小软件排错排了快一个小时了，得不偿失，，，，，，，
把conda 安装busco的numpy卸载掉，或是在site-packages下面rm -r numpy* source ~/.bashrc ，直接用原来版本的numpy就可以了，
安装软件是个坑，坑你没商量，没脾气，坑你想砸机器。。。。。。。
4，busco新功能
软件由最开始的script，包装一下变成package,然后系统目录下busco -h ,pack的水平各异，这里不再赘述，
看截图，记得以前就分几个大类，看现在多牛逼：
166个物种，分类更加细了，更规范了，更牛逼了。。。。
但是，你以为你需要所有都下载吗？那么你就out.....
你更想不到的是v4.0.6可以自己自动识别lineages不用你手动了，自动解放生产力，自动好啊，但是，自动让我们下岗。。。
tips:
1,busco --list-datasets看看多少物种可以用
2,自动：
busco -m MODE -i INPUT -o OUTPUT --auto-lineage
busco -m MODE -i INPUT -o OUTPUT --auto-lineage-prok
busco -m MODE -i INPUT -o OUTPUT --auto-lineage-euk
这酸爽的停不下来了，哈哈，but,,,,,,
if你的网速太差，你还是可以手动的，记得脱机工作，--offline，并手动下载lineages single copy gene文件
好了，好累。。。。。。
拜拜。。。。。
ref:BUSCO 官网： https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html