DNA測序（同義詞：DNA深度測序| DNA高通量測序）包括全基因組測序（WGS），全外顯子組測序（WES或WXS）和靶向測序。
WGS意味着對整個DNA基因組進行測序，
而WES專注於mRNA編碼區（外顯子）進行測序，而mRNA編碼區（外顯子）通常只占很小的基因組部分（在人類中為3％）。
盡管WGS和WES都可以用來發現與疾病或表型相關的罕見突變/常見變異，但WES的價格卻比WGS便宜得多且速度更快。
靶向測序僅關注目標基因（或目標區域）的子集，是最快，最便宜的DNA測序類型。
RNA測序（同義詞：RNA深度測序| RNA高通量測序）
包括全轉錄組測序（WTS），mRNA測序（mRNA-seq）和小RNA測序（smRNA-seq）。
與DNA-seq不同，RNA-seq需要先將提取的RNA反轉錄為cDNA，然后再進行擴增。
RNA測序最常見的應用是檢測基因表達的變化，可變剪接，轉錄后修飾，基因融合，也可以檢測突變和SNP。