大家對前幾期《做成像的你不得不了解的真相》系列文章反饋積極,小編倍受鼓舞,今天再來開講新話題——信噪比。
做熒光成像的你一定有這個經歷吧,你小心翼翼制備好了樣品,調整好顯微鏡和軟件,點擊拍照按鈕,結果得到了下面的圖像。
圖1
看到這樣的圖像是不是有點沮喪?不過,有經驗的用戶已經意識到問題所在,並且手動把曝光時間延長,或是提高激發光強度,這時你看到的圖像可能就是下面兩張了。
圖2
圖3
哇,圖像質量提升立竿見影啊!是的,你對這三張圖像質量的觀感,就是今天小編想嘮一嘮的問題——成像質量最重要的判斷依據——信噪比。
在展開這個問題之前,請大家思考以下兩個問題:
1. 圖一和圖三的噪聲相比,哪一個更大?
2. 信噪比到底是什么呢?
專業問題答案分割線 —— 先想一想再看答案哦!
好了,我們來公布答案咯!大家看看自己想的對不對。
正確答案:
1. 圖三噪聲大,圖一小。我的原力告訴我,很多人都答錯了!
2. 信噪比就是信號和噪聲之比值。呵呵,這個回答沒毛病,不過僅僅是字面上的解釋,還是比較抽象。為了把這個概念講清楚,還是不得不上公式:
看上去好多新概念,不過並不難理解。下面我們一個個來解釋一下:
先來說信號。信號實際上就是我們實驗中GFP綠色的熒光,或者RFP紅色的熒光。而光子數就是熒光強度的定量表述。數字成像設備,需要將光信號轉換為可以測量的電信號,例如共聚焦顯微鏡里的光電倍增管(PMT),或是寬場熒光成像使用的相機(CCD,CMOS相機)。而量子效率(Quantum Efficiency, QE)就是PMT或者相機將光信號轉換為電信號的效率。檢測設備最重要的一個性能,就是要有更高的量子效率。
然后我們說噪聲。噪聲源實際上也有很多種,大家都知道相機自身是會產生噪聲的,而對於和活細胞弱熒光成像相似的應用,相機的讀出噪聲(Readout Noise)是對圖像質量影響很大的一個參數。除了讀出噪聲,相機實際上還有其它很多種噪聲,例如暗噪聲(Dark Noise),或是對CMOS相機成像質量影響較大的相關性噪聲(Correlated Noise)。除某些特定成像應用外,一般暗噪聲或是相關性噪聲的貢獻很小,在這篇文章中小編就不過多討論。忽略掉其它的噪聲源,上面的公式可以簡化成為
這里還有一個非常重要的噪聲源,稱為散粒噪聲(Shot Noise),由於從相機硬件層面無法降低散粒噪聲,所以很多時候這個最為重要的噪聲反而並沒有太多人提及。(注:硬件層面沒辦法,並不意味着軟件層面沒辦法哦!)
散粒噪聲是光信號自身的噪聲
上面的公式就進一步變化為
這個時候,我們分析信噪比隨信號變化的曲線,會得到如下結果。其中實線表示無噪聲的理想相機,虛線是實際的相機。可見,讀出噪聲越大,相機曲線與理想曲線偏離越遠。
從以上公式可以看出,在信號比較強的情況下,散粒噪聲遠遠大於讀出噪聲,信噪比其實等於
這時,決定信噪比的僅僅是信號強度和量子效率!本文開始時提到的,通過增加曝光時間或是加強激發光,能提高圖像的原因就在這里了。不過,實際拍照時,由於各種原因,例如避免光漂白、光毒性,或是為了提高速度,活細胞成像的信號常常處在相對較低的水平,這時候我們就需要借助信噪比來判斷圖像質量好壞與否了。
用上面這張圖為范例,信噪比的計算方法如下,
除了判斷圖像質量,對於很多需要做熒光定量測量的應用,例如簡單的鈣離子成像,FRET/FRAP,或是復雜如單分子定位的超高分辨率成像(STORM/PALM),這也是一個非常重要的概念。
最后我們回到開始的問題,為什么圖3的噪聲會高過圖1呢?原因很簡單,圖3本身信號強,散粒噪聲占主導地位,噪聲遠大於圖1。圖3質量好,並不是噪聲小,而是信噪比高。
以上,我們討論了信噪比的一些基本概念。現在給大家再出兩個問題,請判斷以下說法是否正確:
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成像的追求,就是要不斷提高信噪比;沒有最好,只有更好
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圖像的信噪比,有經驗后視覺判斷就可以了, 定量計算很難,也沒有必要
期待大家踴躍留言回答,小編將會在下一篇文章中給出解答。