轉自:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/splatter/inst/doc/splatter.html
1.quickstart
library(splatter) library(scater)# 創建模擬數據 set.seed(1) sce <- mockSCE() params <- splatEstimate(sce)
跑上面的代碼時，出現了Error in mockSCE() : could not find function "mockSCE" 錯誤，emmm。
這個函數是scater包里的函數，引入了這個包為啥找不到函數呢。
可能是和R的版本有關系，我目前使用的是3.5.1，但有warning：
Warning messages: 1: 程輯包‘scater’是用R版本3.5.2 來建造的 2: 程輯包‘ggplot2’是用R版本3.5.3 來建造的
所以嘗試使用3.5.2版本的R。
還是不行，依舊會報這個錯誤:
> sce <- mockSCE()
Error in mockSCE() : could not find function "mockSCE"
> sce <- scater::mockSCE() Error: 'mockSCE'不是'namespace:scater'內的出口對象
看到一個博客說可能是這個函數沒有了，所以找到了包的手冊。
這個函數還是有的啊，而且給出了例子。
在library(scater)的過程中出現以下：
載入需要的程輯包：ggplot2 載入程輯包：‘scater’ The following object is masked from ‘package:S4Vectors’: rename The following object is masked from ‘package:stats’: filter Warning message: 程輯包‘ggplot2’是用R版本3.5.3 來建造的
嘗試> library('ggplot2') 在3.5.2下是可以正常使用的。
可能是3.5版本的都沒有這個函數？？？
全網都搜不到相關的問題。
直接換3.6.2版本的R，在安裝時還遇到了這個問題Do you want to install from sources the packages which need compilation
之前一直都默認選的yes，但是看來好像應該選no，https://community.rstudio.com/t/meaning-of-common-message-when-install-a-package-there-are-binary-versions-available-but-the-source-versions-are-later/2431
原來真的是因為R版本的問題，3.5的是沒有這個函數的，只有3.6版本安裝的scater包有這個。。。並且在選擇上面問題時選擇了no。emmm
最后，這個官方手冊還是很不錯的。
可以學習到不同group不同群體，也就是說，比如小鼠和人？還是說患病的人和不患病的人的同一組織的細胞？
2.log-normal
library size的normal和log之后的normal，有什么區別是需要注意一下的。
3.simpleSimulate
這個函數也是splatter包里的，
從一個簡單的負二項分布仿真數據，沒有library size和差異表達等。
4.與真實數據or分布的比較
忽然一下子明白了這個比較，simple它是根據負二項分布直接生成的數據， 而這里進行比較就是查看仿真的數據和負二項分布的差異，這個是一方面，可以用來對一個數據集是否符合負二項分布來說，也可以用來判斷兩個數據集的分布是否相似；非常有用的點！
5.cpm
作圖多次出現這個單位，搜了一下https://www.jianshu.com/p/1a80c66a8510
流行的轉換包括每百萬次計數（CPM），每百萬次計數（log-CPM），每千克轉錄本的讀數（RPKM）和每千萬轉錄本的百萬分率（FPKM）。
//基本搞定，比較簡單，可以用來仿真數據，並且對仿真結果與真實的對比。