在文章或宣傳稿中經常看到兩者濫用，實際上是不同的。
首先是各個字母的含義：
16S中的"S"是一個沉降系數，亦即反映生物大分子在離心場中向下沉降速度的一個指標，值越高，說明分子越大。
rDNA 和rRNA中的小寫字母"r"是ribosome(核糖體)的縮寫。
rDNA指的是基因組中編碼核糖體RNA（rRNA）分子的對應的DNA序列，也就是編碼16S rRNA的基因。
rRNA指的是rDNA的轉錄產物，它是構成核糖體的重要成分，核糖體由許多小的rRNA分子組裝而成，16S rRNA是其中一個組件。
一般所分析的對象都是16s rDNA，因為DNA提取容易，也比較穩定。