一、Greengenes數據庫
Greengenes數據庫由Lawrence Berkeley National Laboratory構建。最新版本為13.8，它對13.5的序列分類進行了修正，13.5版本總共收錄16S rRNA序列1,262,986條。這是非冗余的序列，Greengenes可以用Export工具實現對數據的過濾，輸出定制的數據庫。qiime軟件中默認使用的是greengene數據庫，為97_otus.fasta這個文件，以及一個對應的注釋文件97_otu_taxonomy.txt，一個構建好的系統發育樹97_otus.tree。里面包含了99322條非冗余的16S序列。目前最新的文件為99_otus.fasta。Greengenes提供比對工具NAST，可進行多序列比對。提供在線trim處理，可以根據質量值修剪FASTA格式數據文件。qiime中可以使用pynast軟件來進行比對，此外，網站的probe工具提供16S rRNA區域探針或者引物的設計功能。GreenGene只包含16S/18S序列，不包含大亞基23S/28S序列。
網站鏈接：http://greengenes.secondgenome.com/
http://greengenes.secondgenome.com/downloads/database/13_5
二、SILVA數據庫
SILVA數據庫由德國馬普研究所和Ribocon主持，提供最新的核糖體大小亞基rRNA注釋信息。SILVA數據庫是軟件包ARB的官方數據庫，提供全面的，高質量的可比對的小亞基（如16S/18S，SSU），以及大亞基（23S/28S，LSU）的rRNA序列，用於細菌，古生菌，以及真菌分析。silva也是mothur軟件中推薦使用的數據庫，截止到本課程制作時間的版本是Version 126，不過126版本目前只提供網絡應用，能夠下載使用的為123版本。silva數據庫提供超過170多萬個SSU，9萬多LSU序列。silva數據庫里面包含五個獨立的部分，分別是小亞基的SSU Parc，SSU Ref 以及 SSU Ref NR ，還有大亞基的LSU Parc 與LSU Ref。這些庫之間有什么差別呢。這是根據不同的序列長度以及聚類的序列相似性來生成的。官網上面有詳細的介紹。我們可以通過網頁或者ftp服務器下載silva的數據庫。里面包括arb文件和fasta文件，如果不使用arb的軟件，我們只需下載fasta的文件。ARB_files存儲的為arb格式的文件，Export為fasta序列格式的文件。在16S序列分析中，我們推薦使用SSU Ref NR這個數據庫，這個是使用99%的identity標准來進行非冗余處理，准確性更高，在18S序列分析中，使用LSU Ref。並且這些版本的數據庫包含一個Guide Tree。
三、RDP數據庫
RDP數據庫來自於（Ribosomal Database Project），前面課程我們提到過RDP的分析流程。其中數據庫提供核糖體相關數據和服務，包括在線的數據分析、比對、16S rRNA序列的注釋。RDP最新版本是Release 11.4，發布於2015.5.26，收錄了共3,224,600條16S rRNAs序列，108,901條真菌28S rRNA序列，是使用最廣的16S rRNA序列數據庫。RDP數據庫提供16S rRNA序列比對和分類、進化樹構建、物種分類heatmap、功能基因分析等方便的數據處理功能。RDP項目提供了完整的16S和18S分析方案，