OTU表要不要抽平


對樣品OUT抽平是為了讓各樣品的序列數保持一致,便於在同一標准上對各樣品進行Alpha多樣性分析等,保證有可比性。

Diversity parameters were estimated from OTU and functional gene matrices that were rarefied to an equal number per sample to reduce the effect of variation in sequencing depth using the function rrarefy in vegan

有一步是按OTU豐度排序,所以必須抽平

如果按照otu的百分含量呢

按OTU豐度排序

按照OTU百分含量排序

 

如果不抽平,由於某個樣本序列數夠大會引入稀有OTU,而其他的樣本則沒有這個稀有OTU,從有無上判斷,這會增大樣本間的差距嗎?如果基於百分比是否會好些?

 

拆分OTU表分組抽平


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