擴增子分析解讀5物種注釋 OTU表操作
本節課程，需要先完成《擴增子分析解讀》系列之前的操作 1質控 實驗設計 雙端序列合並 2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物 3格式轉換 去冗余 聚類 4去嵌合體 非細菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准備 ...
原文：OTU表要不要抽平
對樣品OUT抽平是為了讓各樣品的序列數保持一致,便於在同一標准上對各樣品進行Alpha多樣性分析等,保證有可比性。 Diversity parameters were estimated from OTU and functional gene matrices thatwere rarefied to an equal number per sample to reduce the effect ...
2019-12-24 09:15 0 1111 推薦指數：
相關推薦
Excel VBA附合導線平差自動計算表
這是6,7年前做的一個excel vba自動計算附合導線平差的表格。 對於做測繪的朋友來說，附合導線平差是最基礎的技能，目前來說，能平差的軟件和工具也很多，像南方的平差易，科傻平差、清華三維平差等，但這些軟件操作較復雜，且界面不友好，於是很多人用excel強大的公式函數功能，做了很多自動計算 ...
擴增子分析解讀4去嵌合體 非細菌序列 生成代表性序列和OTU表
本節課程，需要先完成 擴增子分析解讀1質控 實驗設計 雙端序列合並 2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物 3格式轉換 去冗余 聚類 先看一 ...
把“SC ”表中“葉平”老師教的課的成績都更改為此課程的平均成績；
--學生表tblStudent（編號StuId、姓名Stuname、年齡Stuage、性別Stusex）--課程表tblCourse（課程編號CourseId、課程名稱CourseName、教師編號TeaId）--成績表tblScore（學生編號StuId、課程編號CourseId、成績Score ...
QIIME1 聚OTU
qiime 本身不提供聚類的算法，它只是對其他聚otu軟件的封裝 根據聚類軟件的算法，分成了3個方向： de novo： pick_de_novo_otus.py closed-reference ...
數據庫設計時，每個表要不要都設置自增主鍵ID！（轉）
邏輯數據庫設計 - 需要ID(談主鍵Id) 本文的目標就是要確認那些使用了主鍵，卻混淆了主鍵的本質而造成的一種反模式。 一、確立主鍵規范 每個了解數據庫設計的人都知道，主鍵對於一張表來說是一個很重要，甚至必需的部分。這確實是事實，主鍵是好的數據庫設計的一部分。主鍵是數據庫確保數據行在整張 ...
使用mothur進行OTU聚類
微生物16S的OTU聚類工具有很多，最常用的就是 usearch、cdhit-OTU、mothur。 這些工具大多都是針對二代測序平台的，usearch的64bit版本是收費的。 如果要跑PacBio的OTU聚類，目前就只能用 mothur 了。 mothur有着非常詳細的說明文 ...