分析WGS的mutation時,我用pyclone將mutations聚成了四類。我試圖解釋每一類的含義,比如:致病的變異、耐葯的變異、治療敏感的變異....
cosmic signature呢,每個樣本都有96個signature的信息,假設有10000個樣本。用NMF或PCA將這些聚成了30類,即30個signatue。
然后,尋找每個signature與什么表型有關系。比如:已知aging的signatue是什么樣子的,看看這30個signature中哪一個與aging的signature像。則,找到的那一個就是aging的signatue。
R包 destructSig。