單細胞轉錄組測序技術及各類數據分析方法總結


自從2009年單細胞轉錄組測序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技術首次問世,至今已經有幾十種不同的scRNA-seq技術相繼被開發出來。在過去的十年里,單細胞轉錄組測序技術得到了蓬勃的發展,從而使得可在單細胞水平揭示全基因組范圍內所有基因的表達情況,可以更精准的開展細胞間的表達異質性研究、鑒定新的細胞亞型、解析早期胚胎的發育等。


單細胞測序流程(圖片來源 :http://learn.gencore.bio.nyu.edu)

 

目前,單細胞轉錄組測序技術(scRNA-seq)已經廣泛應用於各類物種,特別是人、小鼠等典型的模式生物。和單細胞轉錄測序技術相比,傳統的轉錄組測序技術(bulk RNA-seq)是基於群體細胞開展的,每個樣本都包含成千上萬個細胞,所以傳統轉錄組測序反映的是基因在群體細胞中平均的表達水平,從而無法有效檢測不同細胞之間的表達異質性(更多精彩請關注微信公眾號:AIPuFuBio)。

 

我們之前寫了一系列的文章,總結了單細胞轉錄組測序技術的種類及單細胞轉錄測序數據的各類分析方法,這里再給大家匯總一下(直接點擊就可以查看哦)。

1. 單細胞轉錄組測序技術(scRNA-seq)及細胞分離技術分類匯總

2. 單細胞測序數據的降維方法及細胞亞型的鑒定聚類方法總結

3. 單細胞測序數據的差異表達分析方法總結

4. 基於單細胞測序數據構建細胞狀態轉換軌跡(cell trajectory)方法總結

5. 單細胞轉錄組測序數據的可變剪接(alternative splicing)分析方法總結

 


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