本文主要是對沒有GO term庫的植物進行注釋。
1、選用AgriGo 進行注釋，在agriGO中點擊species后，查看與你目標物種相近的物種作為庫
2、比如我以甜菜為例
為了找到和GO term對應的ID，先找到PLAZA，進入網站https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/versions/plaza_v3_dicots/download/index
點擊data ->identifier Conversion, 找到甜菜，下載改ID對應的文件，進而可以確定甜菜基因組版本，並進行寫腳本更換ID
3、將DGE更換好的ID輸入AgriGO中，即可獲得差異基因，可點擊downlodw下載，
選取FDR<=0.05, p <0.05進行作圖
作圖
使用ggplot2
rm(list = ls())
library(ggplot2)
data <- read.table("Go_input.txt",header = T,sep = "\t")
attach(data)
dorder=factor(as.integer(row.names(data)),labels = data$Term) ###sorted by the Term,
p <- ggplot(data,aes(x=dorder,y=queryitem,fill=term_type))+geom_bar(stat = "identity",width = 0.8)+
xlab("") + ylab("Gene count") +theme_bw()+
scale_fill_discrete(name="GO_category",breaks=c("C","F","P"),labels=c("CC","MF","BP"))+ ##change the legend text
theme(panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = NA),axis.text.y = element_text(size = 7),axis.text.x = element_text(face = "bold",angle = 70,vjust = 1,hjust = 1,size = 7))
第二種，利用代碼進行作GO，KEGG分析
可以參照https://www.jianshu.com/p/47b5ea646932?utm_source=desktop&utm_medium=timeline
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