【WEGO】GO注釋可視化


導入數據

BGI開發的一款web工具,用於可視化GO注釋結果。自己平時不用,但要介紹給別人,簡單記錄下要點,避免每次授課前自己忘了又要摸索。

地址:http://wego.genomics.org.cn/

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導入文件到灰色框中,可同時導入多個文件進行比較(點一次彈出一次)。支持多種文件格式導入,如果是自己導入,可另存為txt導入,通常我們做GO注釋后,會有這樣一個基因和GO對應關系的文件:
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如果是要做個樣本比較的話,每個樣本一個文件導入,這樣才好比較。

也可用Launch WEGO Demo直接用demo數據,默認GAF Format,這是InterProscan注釋的結果文件,打開的話也是同上一個基因對應多個GO編號的格式。

WEGO目前支持常見9種物種的可視化。一般導入文件后,系統會自動根據GO編號識別,無需選擇物種。如果選擇物種,系統會將物種全部GO注釋結果作為一個樣本可導入的樣本比較。

可視化

提交后,得到如下結果。如果基因數目多,可能會花費一段時間。
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最上方是注釋的結果,包括每個樣本全部注釋的情況和三個本體注釋結果。

GO Tree是以樹的形式展示結果,GO term是分層級的,三個本體是Level 1,依次下去Level 2——Level 6。Show GO Level是說要展示到第幾層級結果,如下圖,展示到Level 4,注意要點擊Display按鈕。
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后一個按鈕Select GO Level是說我們要選擇第幾層結果,比如我選擇2,點擊Select按鈕后,就只選擇了所有Level 2結果:
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三個本體都是這樣的:
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Graph就是可視化結果。這個結果是基於以上選擇的Level做出來的。
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大小、主題、顏色、標簽、導出格式等都可自己選擇。

而且,還有一個富集分析的柱形圖結果,閾值什么的都可以自己調整。
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很簡單有木有?其實官網的文檔也介紹得很詳細了,不懂去看看。可是我英語很爛,頭疼。。。
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