前面已經介紹了Python數據分析的編程基礎。數據分析師和科學家總是在數據規整和准備上花費⼤量時間,前面部分的重點在於掌握這些功能。
開發模型選⽤什么庫取決於應⽤本身。許多統計問題可以⽤簡單⽅法解決,⽐如普通的最⼩⼆乘回歸,其它問題可能需要復雜的機器學習⽅法。幸運的是,Python已經成為了運⽤這些分析⽅法的語⾔之⼀,因此讀完這些文章,你可以探索許多⼯具。
本篇中,首先回顧⼀些pandas的特點,在你膠着於pandas數據規整和模型擬合和評分時,它們可能派上⽤場。然后我會簡短介紹兩個流⾏的建模⼯具,statsmodels和scikit-learn。這⼆者每個都值得再寫⼀本書,這里就不做全⾯的介紹,⽽是建議你學習兩個項⽬的線上⽂檔和其它基於Python的數據科學、統計和機器學習的書籍。
一、pandas與模型代碼的接口
模型開發的通常⼯作流程是使⽤pandas進⾏數據加載和清洗,然后切換到建模庫進⾏建模。開發模型的重要⼀環是機器學習中的“特征⼯程”。它可以描述從原始數據集中提取信息的任何數據轉換或分析,這些數據集可能在建模中有⽤。前面學習的數據聚合和GroupBy⼯具常⽤於特征⼯程中。
優秀的特征⼯程超出了本書的范圍,我會盡量直⽩地介紹⼀些⽤於數據操作和建模切換的⽅法。
pandas與其它分析庫通常是靠NumPy的數組聯系起來的。將DataFrame轉換為NumPy數組,可以使⽤.values屬性:
import numpy as np
import pandas as pd
data = pd.DataFrame({
'x0': [1, 2, 3, 4, 5],
'x1': [0.01, -0.01, 0.25, -4.1, 0.],
'y': [-1.5, 0., 3.6, 1.3, -2.]})
data # 輸出如下:
x0 x1 y
0 1 0.01 -1.5
1 2 -0.01 0.0
2 3 0.25 3.6
3 4 -4.10 1.3
4 5 0.00 -2.0
data.columns # 輸出:Index(['x0', 'x1', 'y'], dtype='object')
data.values # 輸出如下:是一個Numpy數組
array([[ 1. , 0.01, -1.5 ],
[ 2. , -0.01, 0. ],
[ 3. , 0.25, 3.6 ],
[ 4. , -4.1 , 1.3 ],
[ 5. , 0. , -2. ]])
要轉換回DataFrame,可以傳遞⼀個⼆維ndarray,可帶有列名:
df2 = pd.DataFrame(data.values, columns=['one', 'two', 'three'])
df2 # 輸出如下:
one two three
0 1.0 0.01 -1.5
1 2.0 -0.01 0.0
2 3.0 0.25 3.6
3 4.0 -4.10 1.3
4 5.0 0.00 -2.0
注意:最好當數據是均勻的時候使⽤.values屬性。例如,全是數值類型。如果數據是不均勻的,結果會是Python對象的ndarray:
df3 = data.copy()
df3['strings'] = ['a', 'b', 'c', 'd', 'e'] # 增加一列非數據列
df3 # 輸出如下:
x0 x1 y strings
0 1 0.01 -1.5 a
1 2 -0.01 0.0 b
2 3 0.25 3.6 c
3 4 -4.10 1.3 d
4 5 0.00 -2.0 e
df3.values # 輸出如下:結果是Python對象的ndarray
array([[1, 0.01, -1.5, 'a'],
[2, -0.01, 0.0, 'b'],
[3, 0.25, 3.6, 'c'],
[4, -4.1, 1.3, 'd'],
[5, 0.0, -2.0, 'e']], dtype=object)
對於⼀些模型,你可能只想使⽤列的⼦集。我建議你使⽤loc,⽤values作索引:
model_cols = ['x0', 'x1']
data.loc[:, model_cols].values # 選取指定的列,輸出如下:
array([[ 1. , 0.01],
[ 2. , -0.01],
[ 3. , 0.25],
[ 4. , -4.1 ],
[ 5. , 0. ]])
⼀些庫原⽣⽀持pandas,會⾃動完成⼯作:從DataFrame轉換到NumPy,將模型的參數名添加到輸出表的列或Series。其它情況,你可以⼿⼯進⾏“元數據管理”。
在第12篇,學習了pandas的Categorical類型和pandas.get_dummies函數。假設數據集中有⼀個⾮數值列:
data['category'] = pd.Categorical(['a', 'b', 'a', 'a', 'b'], categories=['a', 'b'])
data
x0 x1 y category
0 1 0.01 -1.5 a
1 2 -0.01 0.0 b
2 3 0.25 3.6 a
3 4 -4.10 1.3 a
4 5 0.00 -2.0 b
如果我們想替換category列為虛變量,我們可以創建虛變量,刪除category列,然后添加到結果:
dummies = pd.get_dummies(data.category, prefix='category') # get_dummies()的用法參考第七篇第二節第八小節
data_with_dummies = data.drop('category', axis=1).join(dummies) # 刪除data的category列,並連接dummies的列
data_with_dummies # 輸出如下:
x0 x1 y category_a category_b
0 1 0.01 -1.5 1 0
1 2 -0.01 0.0 0 1
2 3 0.25 3.6 1 0
3 4 -4.10 1.3 1 0
4 5 0.00 -2.0 0 1
⽤虛變量擬合某些統計模型會有⼀些細微差別。當你不只有數字列時,使⽤Patsy(下⼀節的主題)可能更簡單,更不容易出錯。
二、⽤Patsy創建模型描述
Patsy是Python的⼀個庫,使⽤簡短的字符串“公式語法”描述統計模型(尤其是線性模型),可能是受到了R和S統計編程語⾔的公式語法的啟發。
Patsy適合描述statsmodels的線性模型,因此我會關注於它的主要特點,讓你盡快掌握。Patsy的公式是⼀個特殊的字符串語法,如下所示:
y ~ x0 + x1
a+b不是將a與b相加的意思,⽽是為模型創建的設計矩陣。patsy.dmatrices函數接收⼀個公式字符串和⼀個數據集(可以是DataFrame或數組的字典),為線性模型創建設計矩陣:
data = pd.DataFrame({
'x0': [1, 2, 3, 4, 5],
'x1': [0.01, -0.01, 0.25, -4.1, 0.],
'y': [-1.5, 0., 3.6, 1.3, -2.]})
data # 輸出如下:
x0 x1 y
0 1 0.01 -1.5
1 2 -0.01 0.0
2 3 0.25 3.6
3 4 -4.10 1.3
4 5 0.00 -2.0
import patsy
y, x = patsy.dmatrices('y ~ x0 + x1', data) # 注意 'y ~ x0 + x1' 是公式字符串,指向data中相應的列名
現在有:
y # 輸出如下:
DesignMatrix with shape (5, 1)
y
-1.5
0.0
3.6
1.3
-2.0
Terms:
'y' (column 0)
x # 輸出如下:
DesignMatrix with shape (5, 3)
Intercept x0 x1
1 1 0.01
1 2 -0.01
1 3 0.25
1 4 -4.10
1 5 0.00
Terms:
'Intercept' (column 0)
'x0' (column 1)
'x1' (column 2)
這些Patsy的DesignMatrix實例是NumPy的ndarray,帶有附加元數據:
np.asarray(y) # 輸出如下:
array([[-1.5],
[ 0. ],
[ 3.6],
[ 1.3],
[-2. ]])
np.asarray(x) # 輸出如下:
array([[ 1. , 1. , 0.01],
[ 1. , 2. , -0.01],
[ 1. , 3. , 0.25],
[ 1. , 4. , -4.1 ],
[ 1. , 5. , 0. ]])
你可能想Intercept是哪⾥來的。這是線性模型(⽐如普通最⼩⼆乘回歸)的慣例⽤法。添加 +0 到模型可以不顯
示intercept:
patsy.dmatrices('y ~ x0 + x1 + 0', data)[1] # 輸出如下:后面的參數[1]表示取元組的第二個元素
DesignMatrix with shape (5, 2)
x0 x1
1 0.01
2 -0.01
3 0.25
4 -4.10
5 0.00
Terms:
'x0' (column 0)
'x1' (column 1)
Patsy對象可以直接傳遞到算法(⽐如numpy.linalg.lstsq)中,它執⾏普通最⼩⼆乘回歸:
coef, resid, _, _ = np.linalg.lstsq(x, y)
模型的元數據保留在design_info屬性中,因此你可以重新附加列名到擬合系數,以獲得⼀個Series,例如:
coef # 輸出如下:
array([[ 0.3129],
[-0.0791],
[-0.2655]])
coef = pd.Series(coef.squeeze(), index=x.design_info.column_names)
coef # 輸出如下:
Intercept 0.312910
x0 -0.079106
x1 -0.265464
dtype: float64
1、⽤Patsy公式進⾏數據轉換
可以將Python代碼與patsy公式結合。在評估公式時,庫將嘗試查找在封閉作⽤域內使⽤的函數:
y, x = patsy.dmatrices('y ~ x0 + np.log(np.abs(x1) + 1)', data)
x # 輸出如下:
DesignMatrix with shape (5, 3)
Intercept x0 np.log(np.abs(x1) + 1)
1 1 0.00995
1 2 0.00995
1 3 0.22314
1 4 1.62924
1 5 0.00000
Terms:
'Intercept' (column 0)
'x0' (column 1)
'np.log(np.abs(x1) + 1)' (column 2)
常⻅的變量轉換包括標准化(平均值為0,⽅差為1)和中⼼化(減去平均值)。Patsy有內置的函數進⾏這樣的⼯作:
y, X = patsy.dmatrices('y ~ standardize(x0) + center(x1)', data)
X # 輸出如下:(注意變量名是X)
DesignMatrix with shape (5, 3)
Intercept standardize(x0) center(x1)
1 -1.41421 0.78
1 -0.70711 0.76
1 0.00000 1.02
1 0.70711 -3.33
1 1.41421 0.77
Terms:
'Intercept' (column 0)
'standardize(x0)' (column 1)
'center(x1)' (column 2)
作為建模的⼀步,你可能擬合模型到⼀個數據集,然后⽤另⼀個數據集評估模型。另⼀個數據集可能是剩余的部分或是新數據。當執⾏中⼼化和標准化轉變,⽤新數據進⾏預測要格外⼩⼼。因為你必須使⽤平均值或標准差轉換新數據集,這也稱作狀態轉換。
patsy.build_design_matrices函數可以應⽤於轉換新數據,使⽤原始樣本數據集的保存信息:
new_data = pd.DataFrame({
'x0': [6, 7, 8, 9],
'x1': [3.1, -0.5, 0, 2.3],
'y': [1, 2, 3, 4]})
new_X = patsy.build_design_matrices([X.design_info], new_data) # X在前面已定義,用X的設計模型轉換數據
new_X # 輸出如下:
[DesignMatrix with shape (4, 3)
Intercept standardize(x0) center(x1)
1 2.12132 3.87
1 2.82843 0.27
1 3.53553 0.77
1 4.24264 3.07
Terms:
'Intercept' (column 0)
'standardize(x0)' (column 1)
'center(x1)' (column 2)]
因為Patsy中的加號不是加法的意義,當你按照名稱將數據集的列相加時,你必須⽤特殊 I 函數將它們封裝起來:
y, X = patsy.dmatrices('y~I(x0 + x1)', data) # 注意是字母(H,I,J 中的 I)
X # 輸出如下:
DesignMatrix with shape (5, 2)
Intercept I(x0 + x1)
1 1.01
1 1.99
1 3.25
1 -0.10
1 5.00
Terms:
'Intercept' (column 0)
'I(x0 + x1)' (column 1)
Patsy的patsy.builtins模塊還有⼀些其它的內置轉換。請查看線上⽂檔。
分類數據有⼀個特殊的轉換類,下⾯進⾏講解。
2、分類數據和Patsy
⾮數值數據可以⽤多種⽅式轉換為模型設計矩陣。完整的學習最好和統計課⼀起學習。
當你在Patsy公式中使⽤⾮數值數據,它們會默認轉換為虛變量。如果有截距,會去掉⼀個,避免共線性:
data = pd.DataFrame({
'key1': ['a', 'a', 'b', 'b', 'a', 'b', 'a', 'b'],
'key2': [0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0],
'v1': [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8],
'v2': [-1, 0, 2.5, -0.5, 4.0, -1.2, 0.2, -1.7]
})
y, X = patsy.dmatrices('v2~ key1', data) # data的key1列為非數值數據,默認轉換為虛變量,並且去掉一個
X # 輸出如下:
DesignMatrix with shape (8, 2)
Intercept key1[T.b]
1 0
1 0
1 1
1 1
1 0
1 1
1 0
1 1
Terms:
'Intercept' (column 0)
'key1' (column 1)
如果你從模型中忽略截距,每個分類值的列都會包括在設計矩陣的模型中:
y, X = patsy.dmatrices('v2 ~ key1 + 0', data) # 使用 +0 參數忽略截距,但結果無intercept列
X # 輸出如下:無intercept列
DesignMatrix with shape (8, 2)
key1[a] key1[b]
1 0
1 0
0 1
0 1
1 0
0 1
1 0
0 1
Terms:
'key1' (columns 0:2)
使⽤C函數,數值列可以截取為分類量:
y, X = patsy.dmatrices('v2 ~ C(key2)', data) # key2是數值列
X # 輸出如下:
DesignMatrix with shape (8, 2)
Intercept C(key2)[T.1]
1 0
1 1
1 0
1 1
1 0
1 1
1 0
1 0
Terms:
'Intercept' (column 0)
'C(key2)' (column 1)
當你在模型中使⽤多個分類名,事情就會變復雜,因為會包括key1:key2形式的相交部分,它可以⽤在⽅差(ANOVA)模型分析中:
data['key2'] = data['key2'].map({0: 'zero', 1: 'one'}) # 把key2列的0映射為 zero,1映射為one
data # 輸出如下:
key1 key2 v1 v2
0 a zero 1 -1.0
1 a one 2 0.0
2 b zero 3 2.5
3 b one 4 -0.5
4 a zero 5 4.0
5 b one 6 -1.2
6 a zero 7 0.2
7 b zero 8 -1.7
y, X = patsy.dmatrices('v2~ key1 + key2', data) # key1,key2列都是分類數據,不是數值數據
X # 輸出如下:
DesignMatrix with shape (8, 3)
Intercept key1[T.b] key2[T.zero]
1 0 1
1 0 0
1 1 1
1 1 0
1 0 1
1 1 0
1 0 1
1 1 1
Terms:
'Intercept' (column 0)
'key1' (column 1)
'key2' (column 2)
y, X = patsy.dmatrices('v2~ key1 + key2 + key1:key2', data)
X # 輸出如下:(key1:key2表示同時為1時就為1)
DesignMatrix with shape (8, 4)
Intercept key1[T.b] key2[T.zero] key1[T.b]:key2[T.zero]
1 0 1 0
1 0 0 0
1 1 1 1
1 1 0 0
1 0 1 0
1 1 0 0
1 0 1 0
1 1 1 1
Terms:
'Intercept' (column 0)
'key1' (column 1)
'key2' (column 2)
'key1:key2' (column 3)
Patsy提供轉換分類數據的其它⽅法,包括以特定順序轉換。請參閱線上⽂檔。
三、statsmodels介紹
statsmodels是Python進⾏擬合多種統計模型、進⾏統計試驗和數據探索可視化的庫。Statsmodels包含許多經典的統計⽅法,但沒有⻉葉斯⽅法和機器學習模型。
statsmodels包含的模型有:
線性模型,⼴義線性模型和健壯線性模型
線性混合效應模型
⽅差(ANOVA)⽅法分析
時間序列過程和狀態空間模型
⼴義矩估計
下⾯,使⽤⼀些基本的statsmodels⼯具,探索Patsy公式和pandasDataFrame對象如何使⽤模型接⼝。
1、估計線性模型
statsmodels有多種線性回歸模型,包括從基本(⽐如普通最⼩⼆乘)到復雜(⽐如迭代加權最⼩⼆乘法)的。
statsmodels的線性模型有兩種不同的接⼝:基於數組,和基於公式。它們可以通過API模塊引⼊:
import statsmodels.api as sm
import statsmodels.formula.api as smf
為了展示它們的使⽤⽅法,我們從⼀些隨機數據⽣成⼀個線性模型:
def dnorm(mean, variance, size=1):
if isinstance(size, int):
size = size, # 注意后面的逗號不能少
return mean + np.sqrt(variance) * np.random.randn(*size)
# For reproducibility
N = 100
X = np.c_[dnorm(0, 0.4, size=N),
dnorm(0, 0.6, size=N),
dnorm(0, 0.2, size=N)]
eps = dnorm(0, 0.1, size=N)
beta = [0.1, 0.3, 0.5]
y = np.dot(X, beta) + eps
這⾥,我使⽤了“真實”模型和可知參數beta。此時,dnorm可⽤來⽣成正太分布數據,帶有特定均值和⽅差。
現在有:
X[:5] # 輸出如下:
array([[-0.12946849, -1.21275292, 0.50422488],
[ 0.30291036, -0.43574176, -0.25417986],
[-0.32852189, -0.02530153, 0.13835097],
[-0.35147471, -0.71960511, -0.25821463],
[ 1.2432688 , -0.37379916, -0.52262905]])
y[:5] # 輸出如下:
array([ 0.42786349, -0.67348041, -0.09087764, -0.48949442, -0.12894109])
像之前Patsy看到的,線性模型通常要擬合⼀個截距。sm.add_constant函數可以添加⼀個截距的列到現存的矩陣:
X_model = sm.add_constant(X) # 在X矩陣中添加一個截距,新矩陣是X_model
X_model[:5] # 輸出如下:
array([[ 1. , -0.1295, -1.2128, 0.5042],
[ 1. , 0.3029, -0.4357, -0.2542],
[ 1. , -0.3285, -0.0253, 0.1384],
[ 1. , -0.3515, -0.7196, -0.2582],
[ 1. , 1.2433, -0.3738, -0.5226]])
sm.OLS類可以擬合⼀個普通最⼩⼆乘回歸:
model = sm.OLS(y, X)
這個模型的fit⽅法返回了⼀個回歸結果對象,它包含估計的模型參數和其它內容:
results = model.fit()
results.params # 輸出:array([0.1783, 0.223 , 0.501 ])
對結果使⽤summary⽅法可以打印模型的詳細診斷結果:
print(results.summary()) # 輸出如下:
OLS Regression Results
==============================================================================
Dep. Variable: y R-squared: 0.430
Model: OLS Adj. R-squared: 0.413
Method: Least Squares F-statistic: 24.42
Date: Wed, 02 Jan 2019 Prob (F-statistic): 7.44e-12
Time: 12:50:34 Log-Likelihood: -34.305
No. Observations: 100 AIC: 74.61
Df Residuals: 97 BIC: 82.42
Df Model: 3
Covariance Type: nonrobust
==============================================================================
coef std err t P>|t| [0.025 0.975]
------------------------------------------------------------------------------
x1 0.1783 0.053 3.364 0.001 0.073 0.283
x2 0.2230 0.046 4.818 0.000 0.131 0.315
x3 0.5010 0.080 6.237 0.000 0.342 0.660
==============================================================================
Omnibus: 4.662 Durbin-Watson: 2.201
Prob(Omnibus): 0.097 Jarque-Bera (JB): 4.098
Skew: 0.481 Prob(JB): 0.129
Kurtosis: 3.243 Cond. No. 1.74
==============================================================================
Warnings:
[1] Standard Errors assume that the covariance matrix of the errors is correctly specified.
這⾥的參數名為原始的名字x1, x2等等。假設所有的模型參數都在⼀個DataFrame中:
data = pd.DataFrame(X, columns=['col0', 'col1', 'col2'])
data['y'] = y
data[:5] # 輸出如下:
col0 col1 col2 y
0 -0.129468 -1.212753 0.504225 0.427863
1 0.302910 -0.435742 -0.254180 -0.673480
2 -0.328522 -0.025302 0.138351 -0.090878
3 -0.351475 -0.719605 -0.258215 -0.489494
4 1.243269 -0.373799 -0.522629 -0.128941
現在,我們使⽤statsmodels的公式API和Patsy的公式字符串:
results = smf.ols('y ~ col0 + col1 + col2', data=data).fit()
results.params # 輸出如下:
Intercept 0.033559
col0 0.176149
col1 0.224826
col2 0.514808
dtype: float64
results.tvalues # 輸出如下:
Intercept 0.952188
col0 3.319754
col1 4.850730
col2 6.303971
dtype: float64
觀察下statsmodels是如何返回Series結果的,附帶有DataFrame的列名。當使⽤公式和pandas對象時,我們不需要使⽤add_constant。
給出⼀個樣本外數據,你可以根據估計的模型參數計算預測值:
results.predict(data[:5]) # 輸出如下:
0 -0.002327
1 -0.141904
2 0.041226
3 -0.323070
4 -0.100535
dtype: float64
statsmodels的線性模型結果還有其它的分析、診斷和可視化⼯具。除了普通最⼩⼆乘模型,還有其它的線性模型。
2、估計時間序列過程
statsmodels的另⼀模型類是進⾏時間序列分析,包括自回歸過程、卡爾曼濾波和其它態空間模型,和多元自回歸
模型。
⽤自回歸結構和噪聲來模擬⼀些時間序列數據:
init_x = 4
import random
values = [init_x, init_x]
N = 1000
b0 = 0.8
b1 = -0.4
noise = dnorm(0, 0.1, N)
for i in range(N):
new_x = values[-1] * b0 + values[-2] * b1 + noise[i]
values.append(new_x)
這個數據有AR(2)結構(兩個延遲),參數是0.8和-0.4。當你和AR模型,你可能不知道滯后項的個數,因此可以⽤較多的滯后量來擬合這個模型:
MAXLAGS = 5
model = sm.tsa.AR(values)
results = model.fit(MAXLAGS)
結果中的估計參數⾸先是截距,其次是前兩個參數的估計值:
results.params # 輸出如下:
array([-0.0062, 0.7845, -0.4085, -0.0136, 0.015 , 0.0143])
更多的細節以及如何解釋結果超出了這里的范圍,可以通過statsmodels⽂檔學習更多。
四、scikit-learn介紹
scikit-learn是⼀個⼴泛使⽤、⽤途多樣的Python機器學習庫。它包含多種標准監督和⾮監督機器學習⽅法和模型選擇和評估、數據轉換、數據加載和模型持久化⼯具。這些模型可以⽤於分類、聚合、預測和其它任務。
機器學習⽅⾯的學習和應⽤scikit-learn和TensorFlow解決實際問題的線上和紙質資料很多。本小節中,簡要介紹scikit-learnAPI的⻛格。
scikit-learn還沒有和pandas深度結合,但是有些第三⽅包在開發中。盡管如此,pandas⾮常適合在模型擬合前處理數據集。
舉個例⼦,我⽤⼀個Kaggle競賽的經典數據集,關於泰坦尼克號乘客的⽣還率。我們⽤pandas加載測試和訓練數據集:
train = pd.read_csv('datasets/titanic/train.csv')
test = pd.read_csv('datasets/titanic/test.csv')
train[:4] # 輸出如下:
PassengerId Survived Pclass \
0 1 0 3
1 2 1 1
2 3 1 3
3 4 1 1
Name Sex Age SibSp \
0 Braund, Mr. Owen Harris male 22.0 1
1 Cumings, Mrs. John Bradley (Florence Briggs Th... female 38.0 1
2 Heikkinen, Miss. Laina female 26.0 0
3 Futrelle, Mrs. Jacques Heath (Lily May Peel) female 35.0 1
Parch Ticket Fare Cabin Embarked
0 0 A/5 21171 7.2500 NaN S
1 0 PC 17599 71.2833 C85 C
2 0 STON/O2. 3101282 7.9250 NaN S
3 0 113803 53.1000 C123 S
statsmodels和scikit-learn通常不能接收缺失數據,因此我們要查看列是否包含缺失值:
train.isnull().sum() # 輸出如下:
PassengerId 0
Survived 0
Pclass 0
Name 0
Sex 0
Age 177
SibSp 0
Parch 0
Ticket 0
Fare 0
Cabin 687
Embarked 2
dtype: int64
test.isnull().sum() # 輸出如下:
PassengerId 0
Pclass 0
Name 0
Sex 0
Age 86
SibSp 0
Parch 0
Ticket 0
Fare 1
Cabin 327
Embarked 0
dtype: int64
在統計和機器學習的例⼦中,根據數據中的特征,⼀個典型的任務是預測乘客能否⽣還。模型現在訓練數據集中擬合,然后⽤樣本外測試數據集評估。
我想⽤年齡作為預測值,但是它包含缺失值。缺失數據補全的⽅法有多種,我⽤的是⼀種簡單⽅法,⽤訓練數據集的中位數補全兩個表的空值:
impute_value = train['Age'].median() # 獲取中位數
train['Age'] = train['Age'].fillna(impute_value) # 用中位數填充缺失值
test['Age'] = test['Age'].fillna(impute_value)
現在我們需要指定模型。我增加⼀個列IsFemale,作為“Sex”列的編碼:
train['IsFemale'] = (train['Sex'] == 'female').astype(int)
test['IsFemale'] = (test['Sex'] == 'female').astype(int)
然后,我們確定⼀些模型變量,並創建NumPy數組:
predictors = ['Pclass', 'IsFemale', 'Age'] # 注意理解下面的步驟
X_train = train[predictors].values
X_test = test[predictors].values
y_train = train['Survived'].values
X_train[:5] # 輸出如下:
array([[ 3., 0., 22.],
[ 1., 1., 38.],
[ 3., 1., 26.],
[ 1., 1., 35.],
[ 3., 0., 35.]])
y_train[:5] # 輸出:array([0, 1, 1, 1, 0], dtype=int64)
我不能保證這是⼀個好模型,它的特征都符合。我們⽤scikitlearn的LogisticRegression模型,創建⼀個模型實例:
from sklearn.linear_model import LogisticRegression
model = LogisticRegression() # 創建模型實例
與statsmodels類似,我們可以⽤model的fit⽅法,將它擬合到訓練數據:
model.fit(X_train, y_train) # 輸出如下:
LogisticRegression(C=1.0, class_weight=None, dual=False, fit_intercept=True,
intercept_scaling=1, max_iter=100, multi_class='ovr', n_jobs=1,
penalty='l2', random_state=None, solver='liblinear', tol=0.0001,
verbose=0, warm_start=False)
現在,我們可以⽤model.predict,對測試數據進⾏預測:
y_predict = model.predict(X_test)
y_predict[:10] # 輸出:array([0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0], dtype=int64)
如果你有測試數據集的真實值,你可以計算准確率或其它錯誤度量值:
(y_true == y_predict).mean()
在實際中,模型訓練經常有許多額外的復雜因素。許多模型有可以調節的參數,有些⽅法(⽐如交叉驗證)可以⽤來進⾏參數調節,避免對訓練數據過擬合。這通常可以提⾼預測性或對新數據的健壯性。
交叉驗證通過分割訓練數據來模擬樣本外預測。基於模型的精度得分(⽐如均⽅差),可以對模型參數進⾏⽹格搜索。有些模型,如logistic回歸,有內置的交叉驗證的估計類。例如,logisticregressioncv類可以⽤⼀個參數指定⽹格搜索對模型的正則化參數C的粒度:
from sklearn.linear_model import LogisticRegressionCV
model_cv = LogisticRegressionCV(10)
model_cv.fit(X_train, y_train) # 輸出如下:
LogisticRegressionCV(Cs=10, class_weight=None, cv=None, dual=False,
fit_intercept=True, intercept_scaling=1.0, max_iter=100,
multi_class='ovr', n_jobs=1, penalty='l2', random_state=None,
refit=True, scoring=None, solver='lbfgs', tol=0.0001, verbose=0)
要⼿動進⾏交叉驗證,你可以使⽤cross_val_score幫助函數,它可以處理數據分割。例如,要交叉驗證我們的帶有四個不重疊訓練數據的模型,可以這樣做:
from sklearn.model_selection import cross_val_score
model = LogisticRegression(C=10)
scores = cross_val_score(model, X_train, y_train, cv=4)
scores # 輸出:array([0.7723, 0.8027, 0.7703, 0.7883])
默認的評分指標取決於模型本身,但是可以明確指定⼀個評分。交叉驗證過的模型需要更⻓時間來訓練,但會有更⾼的模型性能。
五、繼續學習
前面都只是介紹了⼀些Python建模庫的表⾯內容,現在有越來越多的框架⽤於各種統計和機器學習,它們都是⽤Python或Python⽤戶界⾯實現的。
這里的重點是數據規整,有其它的書是關注建模和數據科學⼯具的。其中優秀的有:
Andreas Mueller and Sarah Guido (O’Reilly)的《Introduction to Machine Learning with Python》
Jake VanderPlas (O’Reilly)的 《Python Data Science Handbook》
Joel Grus (O’Reilly) 的 《Data Science from Scratch: First Principles》
Sebastian Raschka (Packt Publishing) 的《Python Machine Learning》
Aurélien Géron (O’Reilly) 的《Hands-On Machine Learning with Scikit-Learn and TensorFlow》
雖然書是學習的好資源,但是隨着底層開源軟件的發展,書的內容會過時。最好是不斷熟悉各種統計和機器學習框架的⽂檔,學習最新的功能和API。