Bioconductor軟件安裝與升級


1 安裝工具
Bioc的軟件包不能使用直接install.packages函數,它有自己的安裝工具,使用下面的代碼:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()


上面第二個語句將安裝Bioconductor一些基礎軟件包,包括BiocInstaller軟件包,這是必需的。

2 軟件包安裝
使用biocLite函數,如:

biocLite("affy")
3 升級
biocLite函數可以升級已安裝的軟件包。但是Bioconductor有版本控制,如果要使用最新軟件包,需先升級安裝工具。安裝工具的升級讓人摸不着頭腦,經常出錯,關鍵的問題可能是少了這么一個步驟:

remove.packages("BiocInstaller")


即:必需先把老版本的BiocInstaller刪除。然后再次:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
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作者:金子哦
來源:CSDN
原文:https://blog.csdn.net/u014801157/article/details/62884401
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