R/Bioconductor包的下載和安裝，升級

R包：基本包（自動加載）和推薦包（安裝R時也會下載，但需要手動加載），拓展包（其他包，手動加載）。

安裝好的包將被放在一個指定的目錄下。這個目錄被稱為庫(Library)。當需要使用到某一個包的時候，通過運行library()函數來加載軟件包，其過程就是到庫中去尋找需要加載的軟件包，並將其命名空間加載至當前運行環境下。

>(.packages()) #顯示當前已加載的包

R中packages的下載安裝：

1.網上下載安裝：

>install.packages("包名稱")#選擇鏡像點

　　

2.本地安裝：

>install.packages("包文件的完整路徑“）

　　

Bioconductor包的下載和安裝：

Bioconductor是以R為基礎的生物軟件包。

>source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) 
#biocLite.R是Bioc包的安裝腳本，每次安裝bioc包之前，都需要運行該腳本。
>biocLite(包的名稱) #biocLite()相當於install.package()

Bioc包的升級：

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
old.packages(repos=biocinstallRepos())

　升級所有包：

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
update.packages(repos=biocinstallRepos(), ask=FALSE)

　　

 參考文獻：

http://blog.qiubio.com:8080/archives/3745/4

http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxjz.html