pysam操作sam文件

 

pysam模塊

因為要分析sam文件中序列的情況，因此要對reads進行細分，所以之前想用數據庫將sam文件信息存儲，然后用sql語句進行分類。后來發現很麻煩，pysam就是一個高效讀取存儲在SAM / BAM / CRAM格式文件中的映射短讀序列數據信息的python模塊，可以輕松地對reads進行操作。

1.安裝Pysam

$ pip install pysam

2.檢查是否安裝成功

import pysam   		# 注意，此步是進入python交互環境

3.讀取bam文件

import pysam
samfile = pysam.AlignmentFile("ex1.bam", "rb")

提取指定區域reads

for read in samfile.fetch('chr1', 100, 120):
     print read

samfile.close()

結果如下：

EAS56_57:6:190:289:82       0       99      <<<7<<<;<<<<<<<<8;;<7;4<;<;;;;;94<;     69      CTCAAGGTTGTTGCAAGGGGGTCTATGTGAACAAA     0       192     1
EAS56_57:6:190:289:82       0       99      <<<<<<;<<<<<<<<<<;<<;<<<<;8<6;9;;2;     137     AGGGGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCCAGCAC     73      64      1
EAS51_64:3:190:727:308      0       102     <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<::<<<844     99      GGTGCAGAGCCGAGTCACGGGGTTGCCAGCACAGG     99      18      1
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參考資料

pysam API