Pysam 處理bam文件
Pysam可用來處理bam文件 安裝： 用 pip 或者 conda即可 使用： Pysam的函數有很多，主要的讀取函數有： AlignmentFile：讀取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile：讀取變異數據（VCF或者BCF ...
原文：pysam操作sam文件
pysam模塊 因為要分析sam文件中序列的情況，因此要對reads進行細分，所以之前想用數據庫將sam文件信息存儲，然后用sql語句進行分類。后來發現很麻煩，pysam就是一個高效讀取存儲在SAM BAM CRAM格式文件中的映射短讀序列數據信息的python模塊，可以輕松地對reads進行操作。 .安裝Pysam pip install pysam .檢查是否安裝成功 .讀取bam文件 提取 ...
2018-07-18 20:47 0 1566 推薦指數：
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