phred-scale quality score起源於人類基因組計划，最初是用來評估鹼基質量分數，后來，被廣泛的推廣到基因領域的其他內容。
phred-scalequality score表示這件事情做對的可能性，值越高，則做對的可能性越高。一般說來，值可以從0到無窮大。
phred-scale quality score的計算公式：Q=-10 * logE ；Q表示score ,E表示這件事情出錯的概率。
下表為一一對應的Q值和E值：
下圖為上表的曲線圖：
可以看得出來，phred score超過20以后，正確率的曲線趨勢於一條無變化的直線，即超過20以后，正確率的變化不大。所以很多事情的閾值都定在Q20,比如常說的下機數據中Q20的比率有多大。
phred-scale quality score最常用於兩個地方：
1、鹼基質量分數
2、variant quality score，在GATK中是QUAL列。