小白-批量下載SRR數據

1.新建文件，命令為prefetch_bash.sh   (感覺命名簡單粗暴啊)

vi prefetch_bash.sh

2.在新建的文件下添加一下內容

#!/bin/bash

for id in  $(seq 1 5)    #記住該語法

do

　　prefetch SRR35899${id}

done

3.給文件一個可執行權限

chmod +755 frefetch_bash.sh

4.添加環境變量或者將其move到/usr/bin即可

添加環境變量：

vi ~/.bashrc

export PATH=/home/lmt/biosoft/data:$PATH

保存之后需source ~/.bashrc

或者move

move   ./frefetch_bash.sh   /usr/bin這樣可以直接使用 

5.利用prefetch_bash.sh批量下載所需的SRR文件

在終端輸入：prefetch_bash.sh

下載的SRR數據默認存放在：/home/lmt/ncbi/public/sra里