很多時候我們需要從GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下載RNA-seq數據,一個典型的下載頁面是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE76381(搜 GSE76381)。 這里你會看 ...
.新建文件,命令為prefetch bash.sh 感覺命名簡單粗暴啊 vi prefetch bash.sh .在新建的文件下添加一下內容 bin bash for id in seq 記住該語法 do prefetch SRR id done .給文件一個可執行權限 chmod frefetch bash.sh .添加環境變量或者將其move到 usr bin即可 添加環境變量: vi .b ...
2017-08-28 10:24 0 1734 推薦指數:
很多時候我們需要從GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下載RNA-seq數據,一個典型的下載頁面是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE76381(搜 GSE76381)。 這里你會看 ...
1、prefetch SRRxxxxxx ~/ncbi/public/sra 2、fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3、SRA、SAM以及Fastq文件高速下載方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA數據庫 SRA數據 ...
前言 包含氣象家園、個人博客的精華內容 准備&配置 正確地獲取腳本和參數 下載策略及注意事項 常見問題解答(FAQ) 這四部主要針對三類不同人群: 如果你完全沒有看過關於批量下載ECMWF數據的文章,那么我建議你從第1部分開始看。 如果你看了相關 ...
目錄 前言 landsat數據情況簡介 下載元數據 總結 一、前言 最近由於工作需要,需要下載部分landsat數據的元數據,老板大手一揮,給了十幾年的landsat的path、row以及日期等,就算交待完了。於是我就開始准備吭哧吭哧到USGS官網上 ...
本人初次嘗試用Python批量下載DACC的MODIS數據,記下步驟,提醒自己,數據還在下載,成功是否未知,等待結果中。。。。。。 若有大佬發現步驟有不對之處,望指出,不勝感激。 1.下載Python:https://www.python.org/downloads/ (1)在下面版本中任選 ...
目錄 找序列 下序列 假設我要從NCBI中下載全部水稻的mRNA序列,如何實施? 找序列 第一步,肯定是找到相關序列。 我從ncbi taxonomy進入,搜索oryza。因為要搜索mRNA核酸序列,從此選擇nucleotide,點擊Go: 注意 ...
首先從上交所和深交所整理股票代碼和上市時間,整理為下圖: 上交所:產品-股票-股票列表-下載(http://www.sse.com.cn/assortment/stock/list/share/) 深交所:市場數據-股票-股票列表-下載(http://www.szse.cn/market ...
因為在寫本科畢業論文的時候需要在NASA下載數據,不知道批量下載的方法,就用了很笨的一個方式,一個一個的點着下載了三年的數據。后來嘗試了很多種下載方法,但效果都不理想。在機緣巧合之下得知可以利用Firefox批量下載,瞬間覺得像發現新大陸一樣。下面是詳細步驟(下載數據起來簡單粗暴 ...