在python中將一個文件的某列替換另一個文件的某列

因為我們測序的時候，引物用的是hg19作為參考序列的，但是就目前來說，hg38注釋信息更為豐富。因此，我們決定將call出來的hg19的snv位點轉化為hg38,進而用annovar進行注釋。

之前有一篇轉載的博文，就如何將不同類型的參考基因組進行轉換。我們用已經轉化好的bed(chrom,start,end,***)文件去替換用varscan call 出來的位點信息就好。腳本如下，

#!/usr/bin/env python2.7

import sys

def main():
    data1 = map(lambda x:x.strip().split(" ")[1],open("data.bed").readlines())
    data2 = open("data.vcf", "r").readlines()
    for line in data2:
        if line.startswith('#'):
            sys.stdout.write('%s' %line)
        else:
            llist = line.split('\t')
            llist[1] = data1.pop(0)
            sys.stdout.write( '%s' %('\t'.join(llist)) )

if __name__ == '__main__':
     main()

跑一下，輸出到某個文件就好(bed文件是空格分割，vcf文件是table鍵分割，切記！！！)