葉面積，是計算比葉面積的必要數據，也是非常重要的植物功能性狀。Image J是一款開源的圖像分析軟件，廣泛應該在生命科學的各領域。
1、文件准備。
首先把文件備份到新的路徑下，利用腳本或者手動以樣本編號重命名。
2、軟件准備。
自行下載Image J安裝（綠色版軟件，下載后解壓縮即可運行）
下載地址
https://imagej.nih.gov/ij/download.html
參考手冊
http://qixinbo.info/2018/09/09/imagej-ui-menu-analyze/
http://www.sohu.com/a/258669833_170798
3、導入圖片。
打開Image J，導入圖片序列，依次從菜單選擇File – Import—Image Sequence，參數Scale設置為50% （避免內存占用過多，如果一次處理的圖片比較少就不用），我們本次使用文件掃描后的原始圖片dpi為300。
4、改為灰度圖。
設置圖片格式為8-bit，依次選擇Image-Type-8bit。
5、調整閾值。
依次選擇Image – Adjust –Threshold，點擊Apply到如圖。
6、設置空間比例。依次點擊Analyze – Set Scale 。
分辨率單位dpi指的是每英寸所打印的點數，因為1英寸(in)=25.4毫米(mm)，同時我們的分辨率300dpi = 300 pix per in，則300 pix / 25.4mm = 11.811 pix/mm，因為我們之前縮放了50%，所以 5.9055 pix/mm。
7、計算大小。
依次點擊Analyze -> Analyze particles，導出保存結果。
Size可以設置100或者更大起始，以過濾非目標的小雜質；因為我們的葉子不是圓形，Circularity 的最大值可以設置的小一些；Exclude on edges可以去除邊界的非目標，但掃描時需要注意葉片不能接觸邊界；show可以選擇Outlines看一下計算是否正確。由於我們的掃描葉片數（count）是非常明確的，所以可以依次來檢查匹配是否正確。
