Jbrowse安裝和序列、bam、vcf配置

　　最近做了一個關於基因開發的項目，要求最終輸出的文件可以在專門的基因瀏覽器上邊顯示，類似統計圖的東西。廢話不說上圖（表示表達不出來0.0）！

　　先說下Jbrowse這個東西吧，一句話：一個簡單的，便攜式依靠javascript的基因組瀏覽器。沒用過覺得挺高大上的，難度挺高。實際上用過之后覺得也就是那回事，沒多少難度，很容易上手。因為我是在虛擬機上邊訪問，用的是linux系統，所以這里我以linux為版本簡述一遍：

                                   

1.安裝

　　與其說是安裝我還是覺得下載比較好。為什么？實際上也就是下載一個文件，文件夾里面擁有很多的js和conf配置文件，用web瀏覽器訪問基因瀏覽器的時候加載這些配置，完成基因瀏覽器的顯示效果。

首先在虛擬機下建立一個存放jbrowse的文件夾

下載地址：http://jbrowse.org/jbrowse-1-11-5/

找到一個版本獲取他的下載鏈接

wget -c 下載鏈接

下載好一般就是在你當前的文件夾里面，找到他進行解壓

unzip 文件名稱

解壓好后進入解壓好的目錄中，然后執行

./setup.sh

在你的瀏覽器中輸入：http://your.host.ip.or.domain/jbrowse/

　　如果你可以在界面模式下訪問虛擬機。你也可以直接進入到解壓好的文件夾里面，找到index.html打開它。如果可以 看到如下圖所顯示，恭喜你，安裝成功了。

如果你是用的黑窗口來訪問虛擬機的。可以在虛擬機上安裝一個tomact，把Jbrowse放到tomact的webapps來訪問。 

　　　　　　　　　　　　

2.處理數據文件

　　jbrowse可以展示大多數基因文件，但是基因文件是經過處理后才能展示的。我只說下bam和vcf的處理方法

第一步：在你加壓后的文件夾內建立一個文件夾file

madir file

在file下建立seqfiles文件夾中放你需要導入的參考序列。

fasta file/seqfiles/**.fa

　　如果導入過參考序列后，又有新的序列需要導入，首先將配置文件中的參考序列刪除，同時將產生的seq文件夾刪除，將新的序列和之前的序列合並為一個fasta文件，再重新導入。

在新建的file文件夾下面會出現一個新的trackList.json文件。里面的內容是：

{"tracks":[
    {
        "chunkSize" : 20000,
        "storeClass" : "JBrowse/Store/Sequence/StaticChunked",
        "urlTemplate" : "seqfiles/seq_1/{refseq_dirpath}/{refseq}-",
        "category" : "Reference sequence",
        "type" : "SequenceTrack",
        "label" : "DNA",
        "key" : "Reference sequence"
    }
],"formatVersion":1}

 在之前打開的頁面鏈接上邊加上條件data=file,選中左邊seq,點擊上邊放大按鈕顯示如下,既添加成功

　　　　　　

第二部：在file里面建立一個新的bamfile，把需要的bam文件放進去

只有sort的bam文件才能顯示出來,所以：

samtools sort file.bam (bam文件名) file.sorted (生成file.sorted.bam文件)

sort后進行index：

samtools index file.sorted.bam (生成file.sorted.bam.bai文件)

然后在file文件夾下面的trackList.json文件中添加紅色字體部分：

{"tracks":[
　　{
　　　　"chunkSize" : 20000,
　　　　"storeClass" : "JBrowse/Store/Sequence/StaticChunked",
　　　　"urlTemplate" : "seqfiles/seq_1/{refseq_dirpath}/{refseq}-",
　　　　"category" : "Reference sequence",
　　　　"type" : "SequenceTrack",
　　　　"label" : "DNA",
　　　　"key" : "Reference sequence"
　　},
　　{
　　　　"storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/BAM",
　　　　"urlTemplate" : "./bamfile/file.sorted.bam",
　　　　"label" : "file.sorted.bam",
　　　　"category" : "BAM",
　　　　"key" : "file.sorted.bam",
　　　　"type" : "JBrowse/View/Track/Alignments2"
　　},
　　{
　　　　"storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/BAM",
　　　　"urlTemplate" : "./bamfile/file.sorted.bam",
　　　　"label" : "file.bam.sorted.bam_coverage",
　　　　"category" : "BAM",
　　　　"key" : "file.bam.sorted.bam_coverage",
　　　　"type" : "JBrowse/View/Track/SNPCoverage"
}
],"formatVersion":1}

　　刷新之前打開的頁面,頁面左邊有明顯的變化(出現紅色邊框圈起來的部分，選中它們)，展示信息出現了(這里我這邊已經把bam和vcf加好了，不要在意這些細節0.0),如果沒有展示信息出現,嘗試把頭部Help下方的紅色框往左邊移動試試,可能是你的數據只是一部分，是截斷過的。

　　　　　　

 

第三部：在file文件夾下面建立一個vcffile文件夾，把vcf文件放進去

bam文件需要sort和index后才能展示，同樣，vcf文件需要壓縮和index后才能展示

bgzip file.vcf (得到vcf文件的壓縮文件*.vcf.gz后，會刪除原文件,做好保留原文件的操作)

tabix -p vcf file.vcf.gz (對*.vcf.gz文件做好index后,得到*.vcf.gz.tbi文件)

在file下面的trackList.json中做好vcf的配置,添加下面紅色字體部分(因為我的vcf文件是個錯誤的文件,就不展示頁面了)

{"tracks":[
    {
        "chunkSize" : 20000,
        "storeClass" : "JBrowse/Store/Sequence/StaticChunked",
        "urlTemplate" : "seqfiles/seq_1/{refseq_dirpath}/{refseq}-",
        "category" : "Reference sequence",
        "type" : "SequenceTrack",
        "label" : "DNA",
        "key" : "Reference sequence"
    },
    {
        "storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/BAM",
        "urlTemplate" : "./bamfile/file.sorted.bam",
        "label" : "file.sorted.bam",
        "category" : "BAM",
        "key" : "file.sorted.bam",
        "type" : "JBrowse/View/Track/Alignments2"
    },
    {
        "storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/BAM",
        "urlTemplate" : "./bamfile/file.sorted.bam",
        "label" : "file.sorted.bam_coverage",
        "category" : "BAM",
        "key" : "file.sorted.bam_coverage",
        "type" : "JBrowse/View/Track/SNPCoverage"
    }, { "storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/VCFTabix",
        "urlTemplate" : "./vcffile/file.vcf.gz",
        "type" : "JBrowse/View/Track/CanvasVariants",
        "category" : "VCF",
        "key" : "file.vcf",
        "label" : "file.vcf" }
],"formatVersion":1}

 

 

Jbrowse學習：

官網地址：http://gmod.org/wiki/JBrowse

如果英文的看不懂，推薦這個頁面：http://ju.outofmemory.cn/entry/162255