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Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. （蛋白，多肽）
Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Giddings MC, Brown JB, Lipovich L.
Genome Res. 2012 Sep;22(9):1646-57. doi: 10.1101/gr.134767.111.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22955977
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近些年來，lncRNA作為潛在的基因表達和細胞過程的重要調控者，獲得了巨大的關注。最新一期Cancer Research中報道了上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院對肝癌預后相關lncRNA研究最新成果。
研究者首先利用已公開的GEO數據庫及兩種lncRNA芯片數據，篩選得到肝癌組織中58個上調的和3個下調的lncRNA，再通過建立共表達網絡，最 終確認所有出現差異的lncRNA中，上調最為明顯的ZFAS1為篩選得到的關鍵lncRNA。在細胞及小鼠體內上調ZFAS1時，肝癌細胞侵襲性及遷移性明顯增強，臨床病例分析也表明，ZFAS1失調與肝癌較差預后明顯相關。這些結果也充分證明了之前分析結果。
發現了肝癌細胞侵襲及轉移相關的一個重要lncRNA——ZFAS1，並闡明了該lncRNA功能通路，接下來，研究者將進一步對ZFAS1在 肝癌細胞中失調的具體原因進行進一步探索，以期在未來能夠以此lncRNA為肝癌診斷及治療靶點，開發新的治療方法。
相關論文：Zhecheng Z, Li T, Xie J, et al. Amplification of long non-coding RNA ZFAS1 promotes metastasis in hepatocellular carcinoma[J]. Cancer research, 2015: canres. 3721.2014.
http://www.biodiscover.com/news/research/119950.html
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Cell驚人發現：誰說非編碼RNA不編碼？（蛋白，多肽）
來自德克薩斯大學西南醫學中心的Eric Olson和同事們在分析梳理肌肉特異性的長鏈非編碼RNAs(lncRNAs)以了解它們的功能時，發現了一種在骨骼肌中特異性表達的lncRNA。盡管這一RNA以往被歸類為是非編碼RNA，它的序列中包含的一小段卻看上去好像一個編碼區域。
研究人員證實在體內這一lncRNA編碼了一個包含46個氨基酸的微肽，他們將之命名為myoregulin。Myoregulin形成了在結構上與表達於心肌和慢收縮骨骼肌中的另外兩種小蛋白：phospholamban (PLN)和sarcolipin (SLN)相似的一種跨膜α-螺旋。
並非所有的lncRNAs都會編碼小蛋白，但“毫無疑問一些錯誤解讀的lncRNAs編碼了大量的微肽，”Olson說。
耶魯大學醫學院的Antonio Giraldez說：“發現myoregulin的功能與PLN和SLN相似敲響一記警鍾。我們需要更多地去查看這些非編碼RNAs中的一些保守區域或是尋找翻譯區域。”
此外，不久前來自法國的研究人員也在Nature雜志上報告稱，發現了生成miRNAs的酶切割前體轉錄物初級miRNAs (pri-miRs)編碼了促進它們的miRNAs生成的肽。這是第一份研究報道證實一個pri-miR編碼了一種功能肽，由此從全新的視角認識了pri-miR區域除直接生成miRNAs之外的重要功能，闡明了基因調控的一個新層次。
這些研究對傳統RNA的分類提出了挑戰，表明了有必要繼續尋找有可能是由被視作為是不編碼的序列編碼生成的一些功能上重要的短蛋白質或“微肽”。
參考文獻
A Micropeptide Encoded by a Putative Long Noncoding RNA Regulates Muscle Performance
文獻檢索：DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2015.01.009
http://www.biodiscover.com/news/research/119681.html
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清華大學首席科學家Cell子刊：CRISPR/Cas9助力lncRNA研究
2015年4月20日
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-4/2015417112540577.htm
《Opposing Roles for the lncRNA Haunt and Its Genomic Locus in Regulating HOXA Gene Activation during Embryonic Stem Cell Differentiation》
來自清華大學、南京大學及約翰霍普金斯大學等處的研究人員，利用CRISPR/Cas9基因組編輯技術揭示出在胚胎干細胞分化過程中lncRNA Haunt和它的基因組位點（Genomic Locus）在調控HOXA基因的激活中發揮了相反的作用。這一重要的研究發現發表在《細胞干細胞》（Cell stem cell）雜志上。
清華大學973項目首席科學家沈曉驊(Xiaohua Shen)是這篇論文的通訊作者。其主要研究方向是運用跨學科生物手段，包括小鼠遺傳學，分子及細胞生物學和基因組及疍白組學等系統生物學技術，研究表觀遺傳學機理在干細胞分化，細胞功能和命運決定中的作用。
在這篇文章中研究人員借助於CRISPR/Cas9技術開展研究，證實了在ESC分化過程中lncRNA轉錄物Haunt和它的基因組位點在調控 HOXA基因簇中發揮了獨立且相反的作用。他們證實在減少或是增加Haunt的表達，而不破壞Haunt基因座的情況下，可分別導致HOXA基因上調或下 調。與之相反，在Haunt基因座中進行大片段基因組刪除可以抑制HOXA激活。他們發現Haunt基因座包含了HOXA激活的潛在增強子，而Haunt RNA發揮作用阻止了異常的HOXA表達。
這項研究工作為我們建立了一個lncRNA介導對HOXA基因簇轉錄調控的多面模型，揭示出一個lncRNA轉錄物和它的基因組位點之間相反的作用，並顯示了快速的CRISPR/Cas9基因組編輯在解析lncRNA功能方面具有的強大能力。
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Cell子刊：lncRNA在棕色脂肪代謝中的新作用
2015年1月7日
美國密歇根大學生命科學研究所Jian-die Lin研究員其主要研究方向包括營養和能量代謝中的轉錄共激活網絡，生物晝夜代謝節律以及生理和疾病中的代謝重編程。近期其領導的研究團隊發現了一個從前未知的lncRNA-Blnc1參與了棕色脂肪的分化過程，並與關鍵轉錄因子EBF2形成轉錄反饋回路。該成果2014年8月發表在國際頂級期刊Cell 子刊Molecular cell 上。 (影響因子15.28)。
原文出處：
A Long Noncoding RNA Transcriptional Regulatory Circuit Drives Thermogenic Adipocyte Differentiation. Mol Cell. 2014, Aug 7;55(3):372-82.
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-1/201517113523475.htm
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Long non-coding RNA ROR decoys gene-specific histone methylation to promote tumorigenesis
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-7/2015714111700702.htm
上海交通大學醫學院的研究人員帶領的一項研究成果，刊登在國際著名學術期刊《Genome Biology》，題為“Long non-coding RNA ROR decoys gene-specific histone methylation to promote tumorigenesis”。這項研究表明，lncRNA ROR通過一種新的機制，作為一個阻斷結合表面的誘餌致癌RNA（oncoRNA），阻止組蛋白修飾酶的招募，從而明確提出了促進腫瘤發生的一種組蛋白修飾新模式。上海交通大學醫學院附屬第九人民醫院的范先群、張赫和葛盛芳分別為本文的共同通訊作者。
這項研究表明，lncRNA ROR通過抑制組蛋白G9A甲基轉移酶並促進組蛋白H3K9甲基化的釋放，占據並激活TESC啟動子。抑制腫瘤中的ROR，可導致TESC表達的沉默，並且TESC啟動子區中G9A介導的組蛋白H3K9甲基化得以恢復，這大大降低了腫瘤的生長和轉移。沒有ROR沉默，TESC敲除同樣可顯著減少腫瘤的進展。
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中國學者解析肝癌中的lncRNA
上海交通大學醫學院附屬瑞金醫院的祝哲誠（Z Zhu）博士領導研究團隊，對HCC進行了深入研究。他們在HCC中鑒定了一種長非編碼RNA（lncRNA），上調它會促進腫瘤轉移，導致預后情況差。這項研究發表在六月十五日的Oncogene雜志上。
近年來人們發現，lncRNA在癌症中起到了至關重要的調控作用。研究人員用芯片檢測了在HCC和非腫瘤組織之間存在差異性表達的lncRNA，ZEB1-AS1就是其中之一。隨后研究人員在體外和體內實驗中分析了ZEB1-AS1對腫瘤發展的影響。
進一步研究表明，ZEB1-AS1會促進腫瘤生長和轉移，在HCC中起到癌基因的作用。ZEB1-AS1基因位於ZEB1附近，正調控ZEB1的表達。抑制ZEB1可以部分抵消ZEB1-AS1誘導的上皮-間充質細胞轉化（EMT）和癌轉移。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-6/2015617172747694.htm
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PARTICLE, a Triplex-Forming Long ncRNA, Regulates Locus-Specific Methylation in Response to Low-Dose Irradiation
Dr. Valerie Brid O'Leary及其同事在四月十六日的Cell Reports雜志上發表文章揭開了這一謎團。研究人員發現，電離輻射會誘導MAT2A基因激活進而增加DNA的甲基化。甲基化是一種非常重要的表觀遺傳學修飾，能夠在不改變DNA序列的情況下對基因表達進行調控。這種機制對人類發育和疾病發展有深遠的影響。
研究顯示，MAT2A負責提供甲基化反應所需的S-腺苷蛋氨酸。MAT2A基因內部存在一個非編碼RNA基因PARTICLE，PARTICLE在伽瑪輻射后不久就出現過表達。
PARTICLE, a Triplex-Forming Long ncRNA, Regulates Locus-Specific Methylation in Response to Low-Dose Irradiation. Cell Reports
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-5/201554140259809.htm
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The Xist lncRNA interacts directly with SHARP to silence transcription through HDAC3
來自加州理工學院的研究人員發現了一類豐富的RNA基因——長鏈非編碼RNAs(lncRNAs)是如何調控一些關鍵基因的。通過研究一種叫做Xist的重要lncRNA，科學家們確定了這種RNA聚集一組蛋白質，最終阻止女性擁有一條額外的功能性X染色體的機制。在女性胚胎中多出一條功能性X染色體可以導致早期發育階段死亡。這是研究人員首次揭示出lncRNA基因的詳細作用機制。研究論文發表在4月27日的《自然》（Nature）雜志上。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-4/2015428173152254.htm
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The Landscape of long noncoding RNA classification
長非編碼RNA的研究越來越火熱，但你是否注意到，lncRNA的命名和分類依然混亂。四月十日，美國St. Laurent Institute教授、華僑大學首位千人計划Philipp Kapranov教授，在Cell子刊《Trends in Genetics》發表題為“The Landscape of long noncoding RNA classification”的綜述，探討了lncRNA分類上的種種問題。
在這項研究中，研究人員回顧了現有的lncRNA分類、命名和術語。然后，研究人員描述了已經出現的概念性指南，可根據系統生物學大數據集的不斷擴大和更綜合運用，進行lncRNA的分類和功能注釋。
PDF全文:
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-4/2015420135449883.htm
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APF lncRNA regulates autophagy and myocardial infarction by targeting miR-188-3p
來自青島大學、中科院動物研究所的研究人員在新研究中鑒別出了一種叫做APF的長鏈非編碼RNA（lncRNA），並證實它可以通過靶向miR-188-3p調控自噬和心肌梗死。研究論文發表在4月10日的《自然通訊》（Nature Communications）雜志上。
在這篇文章中研究人員報告稱發現了一種他們稱作為自噬促進因子（autophagy promoting factor，APF）的長鏈非編碼RNA。他們證實APF通過靶向miR-188-3p和ATG7調控了自噬性細胞死亡。進一步的研究結果表 明，miR-188-3p可靶向ATG7抑制自噬和心肌梗死。APF lncRNA是通過調控miR-188-3p，由此影響ATG7的表達、自噬性細胞死亡和心肌梗死的。
新研究揭示出了由心臟中的APF、miR-188-3p和ATG7組成的一個新的自噬程序調控模式。由此為開發出針對心肌梗死和心力衰竭的新治療策略提供了潛在的靶點和診斷工具。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-4/2015412215323873.htm
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Systematic Discovery of Xist RNA Binding Proteins
為了揭示非編碼RNA-蛋白質復合體（RNP）的組成和動態，Howard Chang教授最近在ChIRP的基礎上開發了質譜分析技術ChIRP-MS。這是一種RNA導向的蛋白質組學技術（RNA-directed proteomics），能夠全面鑒定特定非編碼RNA的結合蛋白。這一成果發表在四月二日的Cell雜志上。
非編碼RNA（ncRNA）往往與蛋白質協作，生成復雜的結構，並參與細胞調控。 為了揭示非編碼RNA-蛋白質復合體（RNP）的組成和動態，Howard Chang教授最近在ChIRP的基礎上開發了質譜分析技術ChIRP-MS。這是一種RNA導向的蛋白質組學技術（RNA-directed proteomics），能夠全面鑒定特定非編碼RNA的結合蛋白。這一成果發表在四月二日的Cell雜志上。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-4/201547105735208.htm
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The lncRNA DEANR1 Facilitates Human Endoderm Differentiation by Activating FOXA2 Expression
來自哈佛醫學院、加州大學聖地亞哥分校的研究人員證實，一種叫做DEANR1的lncRNA通過激活FOXA2表達促進了人類內胚層分化。這一重要的研究發現發表在4月2日的《Cell Reports》雜志上。
內胚層的定向分化受到許多信號通路和轉錄因子的控制，但對於lncRNA是否在這一過程中發揮了作用卻並不是很清楚。有意思的是，近期的一項研究報 告稱在ESC向內胚層分化過程中，超過60%的表達lncRNAs顯示出與相關蛋白質編碼基因協同的基因表達改變。鑒於lncRNAs能夠幫助調控基因表 達，作者們認為它們有可能在內胚層和胰腺細胞譜系定向分化中發揮了作用。
在這篇新文章中，研究人員利用純化細胞群繪制了人類內胚層和胰腺細胞譜系的轉錄組圖譜。通過分析數據集，他們鑒別出了顯示分化階段特異性表達模式的 數百個lncRNAs。在鑒別這些lncRNAs特征的第一步中，研究人員將焦點放在了一個內胚層特異性的lncRNA：DEANR1上，證實了 DEANR1在人類內胚層分化中起重要作用。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-4/201547145403925.htm
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lncRNA調節干細胞分化
加州大學舊金山分校的研究團隊發現，大腦干細胞中的非編碼RNA Pnky有重要的臨床意義，操縱它可以大大增加神經干細胞生產的神經元。這項研究發表在三月十九日的Cell Stem Cell雜志上。
Pnky是一種新發現的lncRNA，只存在於大腦中。領導這項研究的Daniel A. Lim博士指出，Pnky不僅可以用於再生醫學，還有助於治療阿爾茨海默症、帕金森症、創傷性腦損傷、癌症等多種疾病。這篇文章的第一作者是Lim 實驗室的Alex Ramos博士和Rebecca Andersen。
Pnky存在於小鼠和人類大腦的神經干細胞中。研究人員發現，從干細胞中敲除Pnky會使神經元產量增加三到四倍。
The Long Noncoding RNA Pnky Regulates Neuronal Differentiation of Embryonic and Postnatal Neural Stem Cells
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-3/2015320105210896.htm
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Long Non-Coding RNAs Control Hematopoietic Stem Cell Function
近期，來自貝勒醫學院的一個研究小組，確定了富集在小鼠造血干細胞（HSCs）中的159個未注釋lncRNA（LncHSCs），其中兩個lncRNA的敲除可影響HSC的自我更新和分化。相關研究結果發表在Cell旗下子刊《Cell Stem Cell》。
在這項研究中，研究人員通過深度測序描述了純化造血干細胞的轉錄組，並鑒定了323個未加注釋的lncRNAs。通過在已分化的細胞譜系中比較它們的表達，發現有159個lncRNAs富集在造血干細胞中，其中一些可能是HSC特異性的（lnchscs）。這些lncRNA基因與蛋白編碼基因具有相同的表觀遺傳特征，包括通過DNA甲基化調控表達，敲除掉兩個lncHSCs——lncHSC-1和lncHSC-2，對HSC自我更新和譜系決定具有不同的影響。
該研究小組精確找出了其中一個候選lncRNA的基因組結合位點，並發現了關鍵造血轉錄因子結合位點的富集，特別是E2A。總而言之，這些結果表明，lncRNAs對調節造血干細胞起着重要的作用，從而為控制HSC功能的遺傳通路提供了更多的層面。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-3/2015316131646787.htm
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A Cytoplasmic NF-kB Interacting Long Noncoding RNA Blocks IkB Phosphorylation and Suppresses Breast Cancer Metastasis. Cancer Cell, 2015, 27, 370–381.
近期，宋爾衛教授課題組利用Arraystar Human LncRNA芯片發現了能抑制乳腺癌腫瘤轉移的新lncRNA分子——NKILA。NKILA能夠與經典的NF-κB信號通路相互作用，通過結合NF- κB/IκB抑制了IKK誘導的IκB磷酸化，使得NF-κB信號通路失活，從而抑制乳腺癌腫瘤轉移。該研究成果刊登在國際頂級期刊Cancer Cell（影響因子23.893）
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-3/2015316104221366.htm
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Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Changes in lncRNA Expression during Reprogramming
全面挖掘iPS技術的臨床潛力，需要詳細了解重編程各個階段發生的細胞事件。為此，加州理工學院的研究團隊在細胞重編程過程中進行了單細胞轉錄組分析，揭示了lncRNA表達在不同階段發生的動態改變。這項研究發表在本期的Cell Stem Cell雜志上，領導這項研究的是加州理工學院的Barbara J. Wold。
加州理工學院的研究團隊用iPS技術將成纖維細胞轉化為多能干細胞，並通過單細胞RNA測序在重編程的不同階段分析了一萬六千多個基因的表達譜，其中包括437個lncRNA。他們對這些轉錄組數據進行分析，發現重編程早期發生了Ras信號傳導通路和數百種lncRNA的激活。功能缺失研究顯示，lncRNA激活能夠抑制種系特異性基因，還能調控代謝基因的表達。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-1/2015113100104944.htm
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利用Arraystar LncRNA芯片揭示TSA抗癌機制
本研究揭示了lncRNA在TSA誘導的肝癌細胞細胞凋亡中的重要調控功能。在TSA誘導的肝癌細胞株中，長鏈非編碼uc002mbe.2表達水平顯著降低。體內外實驗表明，uc002mbe.2表達降低與TSA誘導的細胞凋亡相關。該研究確定了一個新的腫瘤抑制lncRNA，對了解lncRNA參與組蛋白乙酰化酶抑制劑誘導的細胞凋亡具有重要的科學意義，為新型抗癌治療方法的提供了新的葯物靶點。
原文出處：
Induction of the liver cancer-down-regulated long noncoding RNA uc002mbe.2 mediates trichostatin-induced apoptosis of liver cancer cells. Biochem Pharmacol.2013, 85(12):1761-9.
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-1/201519105231188.htm
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Int J Biochem & Cell Biol發表應用Arraystar LncRNA芯片研究囊性纖維化的文章
愛爾蘭皇家外科學院 (RCSI, Royal College of Surgeons in Ireland)的Catherine M. Greene博士長期從事肺部先天免疫調控機制的研究。該課題組利用Arraystar Human LncRNA芯片研究發現lncRNAs/mRNAs在囊性纖維化支氣管上皮組織中異常表達。結合生物信息學分析分析和分子生物學驗證，揭示了lncRNA在囊性纖維化過程中的作用。該研究成果刊登在國際期刊Int J Biochem & Cell Biol（影響因子4.24）。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-1/201519110520354.htm
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The lncRNA Neat1 is required for corpus luteum formation and the establishment of pregnancy in a subpopulation of mice
最近，日本理化研究所（RIKEN）RNA生物學實驗室的Shinichi Nakagawa及其同事發現，一個特別的長非編碼RNA（lncRNA），在某些情況下可能對於生育是至關重要的。相關研究結果最近發表在發育生物學國際著名期刊《Development》。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-1/2015112121647174.htm
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北大敖英芳教授發表Arraystar LncRNA芯片研究骨關節炎的文章
北京大學第三醫院的敖英芳教授主要致力於運動創傷、關節與韌帶損傷的修復與重建、關節鏡微創外科臨床治療與研究。北京大學基礎醫學院的周春燕教授主要研究方向為干細胞定向誘導分化的分子機制及相關的應用基礎研究。近期，兩個實驗室合作利用Arraystar Human LncRNA 芯片研究發現了一種顯著調控骨關節炎的長鏈非編碼RNA—lncRNA-CIR，能夠促進細胞外基質降解，導致骨關節炎。該研究成果刊登在國際期刊Arthritis & Rheumatism（影響因子7.866）。
作者首先應用美國Arraystar Human LncRNA芯片檢測骨關節炎和正常軟骨中lncRNA的表達變化。對差異最顯著的多個lncRNAs進行RT-PCR驗證，其中，lncRNA-CIR表達豐度高，並且相對於正常軟骨，骨關節炎軟骨中lncRNA-CIR表達水平顯著升高；CNC分析（共表達分析）顯示lncRNA-CIR與多個分子具有共表達關系，根據上述數據確定lncRNA-CIR作為目標分子。
Long noncoding RNA related to cartilage injury promotes chondrocyte extracellular matrix degradation in osteoarthritis. Arthritis Rheumatism. 2013.
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-1/201518115843189.htm
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BIOLOGY OF REPRODUCTION：Arraystar LncRNA芯片研究雄性生殖文章
美國內華達大學和上海交通大學醫學院的研究者合作，利用Arraystar Mouse LncRNA芯片研究雄性種系發育過程中6個關鍵時間點的lncRNAs和mRNA表達變化。通過對這些lncRNA的序列分析和功能研究，發現在雄性生殖細胞發育過程中，lncRNA表達受到動態調控，lncRNA可以通過遺傳和表觀遺傳兩種機制，在轉錄和轉錄后兩個水平調控基因表達。該研究成果刊登在國際期刊BIOLOGY OF REPRODUCTION（影響因子4.027）。
Expression Profiling Reveals Developmentally Regulated lncRNA Repertoire in the Mouse Male Germline. BIOLOGY OF REPRODUCTION.2013, 89(5):107, 1–12.
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-1/201518120444286.htm
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德國漢諾威醫學院分子與轉化治療策略研究所的Thomas Thum博士課題組，主要從事心血管疾病和移植醫學中基於非編碼RNA治療策略的研究。近期，其實驗室利用Arraystar Human LncRNA 芯片研究發現了一種新的血漿lncRNA-LIPCAR，在早期心肌梗死（心梗）后左室重塑病人、晚期心梗后左室重塑病人、病情更嚴重的慢性心臟衰竭（心衰）病人中表達量逐步增高；以及生存期短的心衰病人較生存期長的病人，其LIPCAR的表達也顯著增高。這些研究為心臟重塑預后及心衰病人的存活期預測提供了新的潛在生物標記物。該研究成果刊登在國際權威期刊Circulation Research（影響因子11.089）。
為了系統檢測心梗后左室重塑病人中lncRNA的表達變化，作者首先應用美國Arraystar Human LncRNA芯片檢測了早期心梗后左室重塑病人和未重塑病人血漿中的lncRNA表達變化。借助於聚類分析和分子生物學手段，確認了血漿lncRNA-LIPCAR 在早期心梗后左室重塑病人中低表達，晚期時高表達。
作者進一步研究血漿lncRNA-LIPCAR在心衰病人中的表達水平，發現病情更嚴重的慢性心衰病人較晚期心梗后左室重塑病人，其LIPCAR的表達更高；生存期低於3年的心衰病人較生存期高於3年的病人，其LIPCAR表達量更高。
Circulating Long Noncoding RNA, LIPCAR, Predicts Survival in Patients With Heart Failure. Circulation Research. 2014，114(10):1569-75.
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-1/201518115249784.htm
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中山大學生命科學學院陳月琴教授主要從事發育和疾病非編碼RNA調控的研究。近期，其研究團隊應用Arraystar Human LncRNA芯片發現兒童急性淋巴細胞白血病MLL基因重排亞型獨特的lncRNA表達譜特征，找到疾病通路相關的lncRNA分子，並證明疾病中表觀遺傳學改變對lncRNA的表達的影響。該成果發表在2014年1月Human Molecular Genetics (影響因子7.692) 上。
A distinct set of long non-coding RNAs in childhood MLL-rearranged acute lymphoblastic leukemia: biology and epigenetic target. Human Molecular Genetics. 2014 Jun 15;23(12):3278-88.
http://www.ebiotrade.com/newsf/2015-1/201515145159459.htm
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lncRNA通過表觀遺傳抑制重編程的發生
體細胞重編程為干細胞是一個非常復雜的過程，其中必需克服眾多障礙，才能到達終點，成為真正的干細胞。長鏈非編碼RNA作為這一過程中的促進因素已經被報道，但是作為障礙物的角色卻未曾被發現，中國科學院廣州生物醫葯與健康研究院西班牙裔研究員米格爾·埃斯特班(Miguel A. Esteban )實驗室的科研人員首次發現並闡明了其如何阻礙這一逆轉過程的機理。研究發現體細胞重編程過程中，可以誘導lincRNA-p21的表達，通過lincRNA-p21維持抑制性的表觀遺傳修飾來阻礙相關多能性基因的表達，從而阻礙這一過程的發生。該成果已於12月17日在國際性期刊Cell Research 上在線發表。
The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters.
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-12/20141229121859426.htm
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PNAS：lncRNA可作為白血病預后標志物
最近，美國俄亥俄州立大學綜合癌症中心- Arthur G. James腫瘤醫院和Richard J. Solove研究所（OSUCCC - James）研究人員帶領的一項新研究，描述了一種新的標志物，可能幫助醫生為許多急性髓細胞白血病（AML）老年患者選擇毒性最小、最有效的治療方法。AML好發於老年人，中位發病，年齡為65～70歲，35%新診斷的AML患者年齡≥75歲，三年的生存率為5%到15%。
研究人員研究了稱為長非編碼RNAs（lncRNAs）的分子的模式，這類RNA分子長度超過200個核苷酸單位，參與基因的調節。研究人員在60歲及以上患有細胞遺傳學正常（CN）AML的老年患者中，檢測了lncRNAs的豐度或表達。相關研究結果發表在最近的《PNAS》雜志。
Expression and prognostic impact of lncRNAs in acute myeloid leukemia
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-12/20141216170732916.htm
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Cell子刊最新發表應用Arraystar LncRNA芯片研究宿主抗病毒反應的文章
中科院微生物研究所/福建農林大學的陳吉龍研究員長期從事流感病毒致病機理、抗病毒免疫學、病毒感染誘導腫瘤發生機理、腫瘤免疫學等領域的研究。近期，其實驗室利用Arraystar Human LncRNA 芯片研究發現了一種新的調控宿主抗病毒反應的長鏈非編碼RNA——NRAV，通過抑制干擾素刺激基因轉錄從而調控抗病毒反應，在抗病毒天然免疫反應中發揮重要調控功能。該研究成果刊登在國際頂級期刊Cell子刊Cell, Host & Microbe（影響因子12.194）。
NRAV, a Long Noncoding RNA, Modulates Antiviral Responses through Suppression of Interferon-Stimulated Gene Transcription. Cell Host & Microbe, 2014, 16(5): 616-626.
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德克薩斯大學MD Anderson癌症中心的楊柳青（Liuqing Yang, 音譯）課題組長期致力於乳腺癌研究，應用美國Arraystar公司的LncRNA芯片，發現lncRNA-BCAR4特異表達，並參與Hedgehog信號通路，相關研究發現lncRNAs在侵襲性乳腺癌進展中發揮了調控作用，給腫瘤生長轉移開了遺傳綠燈。這一研究結果（lncRNA Directs Cooperative Epigenetic Regulation Downstream of Chemokine Signals，IF=33.116）發表在最新一期的《Cell》雜志上。
楊博士課題組發現lncRNA-BCAR4在乳腺癌病人組織中表達顯著上升，並隨着腫瘤轉移，上升趨勢明顯。在小鼠、人類組織和細胞系的相關研究中，楊博士課題組發現BCAR4是GLI2控制的基因激活的必要條件。這是研究人員首次了解乳腺癌中lncRNAs與hedgehog這一經典信號轉導通路的聯系。這一發現進一步證明lncRNAs是癌症形成和發展中一類新型作用因子。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-11/20141124132707257.htm
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《相約2015NSFC》之疾病相關lncRNA研究策略
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-10/20141022174151739_2.htm
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-10/20141023172249131.htm
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2014國家自然科學基金：lncRNA研究項目
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/2014930131519317.htm
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eLife：lncRNA終究還是能編碼(蛋白，多肽)？
西班牙IMIM（Hospital del Mar Medical Research Institute）和加泰羅尼亞理工大學（UPC）的研究團隊最近在eLife雜志上發表研究指出，長非編碼RNA在新蛋白演化中起到了重要的作用，它們在細胞中有着不為人知的重要功能。
Long non-coding RNAs as a source of new peptides
由於lncRNA似乎沒有承擔什么生物學功能，它們曾被認為是一種“進化噪聲”。現在西班牙的研究人員通過新測序技術向人們展示，許多這樣的轉錄本也有機會翻譯成為蛋白。這一發現旋即引起了激烈的爭論。
“我們在六個物種中（人類、小鼠、魚、果蠅、酵母和一種植物）驗證了這一結果，許多lncRNA與核糖體關聯，似乎隨時准備翻譯成為蛋白。這說明，lncRNA可以成為新蛋白合成的資源，”Mar Albà教授解釋到。
這項研究顯示，大多數lncRNA是種系特異性的，很少有lncRNA存在於兩個以上的物種中。由此可見，這些lncRNA很可能是最近才演化出來的。事實上，lncRNA分子表現出許多與“年輕”基因相似的特性。（延伸閱讀：如何揭開長非編碼RNA的神秘面紗）
“新功能性蛋白的出現，是一個反復嘗試的過程。因此細胞需要生成大量的轉錄本，這些轉錄本不一定都能通過時間的檢驗。lncRNA與這樣的轉錄本很相符。對近親物種進行研究，將有助於我們進一步理解新基因的形成機制，鑒定那些可能有功能的轉錄本。lncRNA表達模式改變與特定疾病的關聯，也是一個很有吸引力的研究方向，”Mar Albà總結到。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/2014922113222627.htm
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被TGF-β活化的lncRNA-ATB促進肝癌的侵襲-轉移級聯反應
最新一期國際頂級學術期刊《Cancer Cell》雜志以論著形式發表了第二軍醫大學醫學遺傳學教研室的研究人員在肝癌轉移方面的研究論文，報道了該課題組發現一種表達於人肝癌細胞中的長鏈非編碼RNA（lncRNA），通過直接結合其他RNA分子，調控腫瘤微環境，促進肝癌的早期侵襲及晚期定植。第二軍醫大學醫學遺傳學教研室的袁繼行博士和孫樹漢教授分別是本文的第一作者和通訊作者。
原文出處：Yuan JH, Yang F, Wang F, Ma JZ, Guo YJ, Tao QF, et al. A long noncoding RNA activated by TGF-beta promotes the invasion-metastasis cascade in hepatocellular carcinoma. Cancer Cell 2014;25(5):666-81.
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201491692506143.htm
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Nature子刊：研究lncRNA功能的新方法
2011年，斯坦福大學的Howard Chang教授開發了ChIRP技術，該技術可以在全基因組范圍內鑒定RNA與染色質的互作，被不同領域的研究者們廣泛采用。最近，Chang和同事對ChIRP進行了改造，發布了稱為dChIRP（domain-specific ChIRP）的新技術。據介紹，該技術可以在天然環境下剖析lncRNA不同結構域的功能。
Chang和同事對ChIRP進行了改造，發布了稱為dChIRP（domain-specific ChIRP）的新技術。據介紹，該技術可以在天然環境下剖析lncRNA不同結構域的功能。相關論文發表在近期的Nature Biotechnology雜志上。
Revealing long noncoding RNA architecture and functions using domain-specific chromatin isolation by RNA purification
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492165601255.htm
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中科院動物所《PLOS》解析線粒體動態相關lncRNA
2014年8月8日，中科院動物研究所在國際權威雜志《PLOS Genetics》（2014年影響因子為8.167）發表一項最新研究成果“MDRL lncRNA Regulates the Processing of miR-484 Primary Transcript by Targeting miR-361”，該研究報道了一個長鏈非編碼RNA，命名為線粒體動態相關的lncRNA（mitochondrial dynamic related lncRNA，MDRL）MDRL影響細胞核中miR-484初級轉錄物的加工，通過靶向miR-361和miR-484調節線粒體網絡。
MDRL lncRNA Regulates the Processing of miR-484 Primary Transcript by Targeting miR-361
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-8/2014813172052333.htm
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Cell子刊挑戰傳統認知，發現編碼lncRNA
來自凱斯西儲大學醫學院的科學家們獲得了不同尋常的雙重研究發現。首先，他們鑒別出了數以千計的新型長鏈非編碼核糖核酸(lncRNA)轉錄本。其次，他們了解到其中的一些lncRNAs挑戰了關於lncRNA轉錄本的一些傳統認知，證實在細胞中它們實際上引導了蛋白質合成。兩項突破詳細地報道在6月12日的《Cell Reports》雜志上。
Translation of Small Open Reading Frames within Unannotated RNA Transcripts in Saccharomyces cerevisiae
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-6/2014624120318794.htm
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Science、EMBO重要發現：編碼蛋白質的lncRNAs（蛋白，多肽）
不久之前，研究人員還認為RNA分為兩類：生成蛋白質的編碼RNAs和發揮結構作用的非編碼RNAs。發現小分子RNAs開啟了全新的研究領域。然而現在研究人員兜了個圈又回到了原地，推測一些長鏈非編碼RNAs可能生成了具有生物功能的小蛋白。
不久之前，研究人員還認為RNA分為兩類：生成蛋白質的編碼RNAs和發揮結構作用的非編碼RNAs。發現小分子RNAs開啟了全新的研究領域。然而現在研究人員兜了個圈又回到了原地，推測一些長鏈非編碼RNAs可能生成了具有生物功能的小蛋白（延伸閱讀：Nature重要論文：闡析生物學“暗物質”）。近期發表在《EMBO Journal》雜志上的一項研究描述了，研究人員利用核糖體作圖（ribosome profiling）鑒別出了有可能生成小蛋白肽的幾百種長鏈非編碼RNAs。
Identification of small ORFs in vertebrates using ribosome footprinting and evolutionary conservation. The EMBO Journal, April 2014 DOI: 10.1002/embj.201488411
Toddler: An Embryonic Signal That Promotes Cell Movement via Apelin Receptors. Science, 2014; 343 (6172): 1248636 DOI: 10.1126/science.1248636
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-4/201448161606368.htm
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Genes&Development封面：lncRNA的確有功能
日前，賓夕法尼亞大學的Ed Morrisey教授領導研究團隊，在肺部鑒定了數百種lncRNA。研究顯示，許多這樣的lncRNA能夠影響基因的表達，並由此調控肺部的正常發育。這一發現作為封面文章刊登在本期的Genes and Development雜志上，
研究人員在小鼠胚胎和成年小鼠的肺部鑒定了363個lncRNA，這些lncRNA往往位於轉錄因子附近。“這項研究將lncRNA與轉錄因子關聯在一起，”Morrisey說。“這種關聯對於小鼠的肺部發育至關重要。其中至少有一種lncRNA能夠對人類的肺功能產生重大影響。”
這種lncRNA被稱為NANCI，能夠對轉錄因子Nkx2.1進行調控。Nkx2.1是小鼠和人類肺部發育的重要分子指標，決定着肺部的正確成熟。
Long noncoding RNAs are spatially correlated with transcription factors and regulate lung development
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-6/2014618155019190.htm
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Science：lncRNA究竟是大咖還是小角色？
Lengthy RNAs earn respect as cellular players
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-6/2014610194811663.htm
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MicroRNA是最廣為人知的一種非編碼RNA，這種微小的分子控制着眾多基因的啟動和關閉，是基因表達的重要管理者。日前，巴塞羅那大學Manel Esteller教授領導的研究團隊發現，還有一種重要的非編碼RNA監管着microRNA的活性。這項研究發表在Cell旗下的Molecular Cell雜志上，為人們展現了一個新型的ncRNA-ncRNA互作網絡。
研究人員發現，長非編碼RNA Uc.283+A控制着Pri-miRNA的加工，Pri-miRNA是microRNA基因的初級轉錄產物。這種lncRNA也被稱為超保守RNA（ultra-conserved RNA），因為它的序列在進化中高度保守，從雞到人沒有出現任何變化。
Regulation of pri-miRNA Processing by a Long Noncoding RNA Transcribed from an Ultraconserved Region
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-6/201468170745772.htm
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Salk研究所的科學家們發現，一種長非編碼RNA（lncRNA）是癌症發展過程中的一個關鍵基因開關。這項研究於四月二十九日發表在eLife雜志上，為相關癌症的治療提供了一條新的途徑
研究人員將這種lncRNA命名為PACER（p50-associated COX-2 extragenic RNA），他們發現PACER控制着COX-2基因的開或關，而這個基因過度活躍與炎症、癌症都密切相關。
p50-Associated COX2 Extragenic RNA (PACER) activates COX-2 gene expression by occluding repressive NF-κB complexes
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-5/201455121811372.htm
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來自中科院上海生命科學研究院、第二軍醫大學的研究人員在新研究中證實，人類結直腸癌特異性的CCAT1-L lncRNA調控了MYC基因位點的遠程染色質相互作用。這一研究發現在線發表在3月25日的《細胞研究》（Cell Research）雜志上。
在這篇文章中研究人員證實，在人類結直腸癌中MYC基因上游515 kb位點特異性地轉錄生成了一種長鏈非編碼RNA：CCAT1-L。這一lncRNA在MYC的轉錄調控中起作用，促進了遠程染色質環形成。研究人員發現，這一CCAT1-L基因座定位在一個強有力的超級增強子中，空間上接近MYC。抑制CCAT1-L可以下調MYC啟動子與增強子之間的遠程相互作用。此外，CCAT1-L還與CTCF相互作用，在這些染色質環區域調控了染色質的構象。
Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus
http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-3/2014326104529787.htm
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從互作揭開lncRNA的秘密（上）
近年來，長非編碼RNA（lncRNA）得到了研究界的廣泛關注。如今，人們已經鑒定了大量lncRNA，但大多數lncRNA的功能還未明確。為了解決這一問題，研究者們開始對lncRNA的互作蛋白進行研究，並為此開發出了越來越多的分析工具。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2013-11/20131127142331631.htm
http://www.ebiotrade.com/newsf/2013-11/20131127164527219.htm
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Long Noncoding RNAs Usher In a New Era in the Biology of Enhancers
在9月12日的《細胞》（Cell）雜志上，Ulf Andersson Ørom和Ramin Shiekhattar以“Long Noncoding RNAs Usher In a New Era in the Biology of Enhancers”為題，綜述了在了解LncRNAs表達作用，以及這些RNAs通過結合蛋白質因子及調節染色質結構參與增強子功能等方面取得的一些最新的進展。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2013-9/2013918103312225.htm
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Long noncoding RNAs associated with liver regeneration 1 accelerates hepatocyte proliferation during liver regeneration by activating Wnt/β-Catenin signaling
來自第二軍醫大學的研究人員在新研究中證實，在肝再生過程中一種稱之為lncRNA-LALR1（Long noncoding RNAs associated with liver regeneration 1）的長鏈非編碼RNA通過激活Wnt/β-Catenin信號促進了肝細胞增殖。相關論文在線發表在7月1日的國際著名肝臟疾病雜志Hepatology（最新影響因子11.665）上。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2013-7/2013716144748796.htm
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lncRNA：一個全新的世界
中文的材料。
http://www.ebiotrade.com/newsf/2013-7/201373100128779.htm
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Cell子刊：lncRNA參與胚胎發育調控
在胚胎發育過程中，多能干細胞會分化形成許多不同的組織和器官。迄今為止，人們只知道這些過程受到組織特異性轉錄因子的調控。現在，柏林馬普分子遺傳學研究所的科學家們與麻省理工MIT、Broad研究所合作，發現非編碼長RNA也參與了上述過程，文章發表在Cell旗下的Developmental Cell雜志上。
The Tissue-Specific lncRNA Fendrr Is an Essential Regulator of Heart and Body Wall Development in the Mouse.
http://www.ebiotrade.com/newsf/2013-1/2013130115442380.htm
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北京大學最新學術論文介紹LncRNADisease
來自北京大學的研究人員在世界上首次創建並發布了長非編碼RNA疾病數據庫（lncRNA and disease database, LncRNADisease），這一數據庫收錄了160多種和長非編碼RNA有關的疾病，並集成了一個生物信息學工具用以預測新的人類長非編碼RNA和疾病的關系。這一研究成果公布在Nucleic Acids Research雜志上。
LncRNADisease: a database for long-non-coding RNA-associated diseases
http://www.ebiotrade.com/newsf/2012-11/20121127105652499.htm
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首個大型的癌症lncRNA表達譜分析
來自斯坦福大學醫學院等機構的研究人員首次繪制了多個癌症的lncRNA表達譜，並鑒定出多個在不同癌症類型中差異表達的區域，它們有望成為重要的癌症標志物。該研究成果發表於8月28日的《Genome Biology》上。
Transcriptional profiling of lncRNAs and novel transcribed regions across a diverse panel of archived human cancers
Genome Biology 2012, 13:R75 doi: 10.1186/gb-2012-13-8-r75
http://www.ebiotrade.com/newsf/2012-8/2012830120503164.htm
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Emergence, Retention and Selection: A Trilogy of Origination for Functional De Novo Proteins from Ancestral LncRNAs in Primates （蛋白，多肽）
近日，北京大學分子醫學研究所李川昀課題組與何愛彬研究員合作，在國際著名遺傳學雜志《PLOS Genetics》發表一項重要研究成果，這項研究提出了靈長類動物進化過程中祖先lncRNA產生功能性新生蛋白的一種機制。
研究人員提出了靈長類動物進化過程中祖先lncRNA產生功能性新生蛋白的機制，通過利用已存在的基因組背景，這可能有助於形成人類特異性的新遺傳結構(genetic novelties)。
http://www.bio1000.com/periodical/plos/504375.html
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