单细胞转录组确实是利器,但我们大多只利用了表达的信息,而从reads到表达之间的信息完全被我们忽略了。 最近nature发了一篇单细胞方法类文章,讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断。 velocyto velocyto-notebooks RNA ...
单细胞测序 RNA velocity RNA速率 RNA velocity:the time derivative of the gene expression state can be directly estimated by distinguishing between unspliced and spliced mRNAs in common single cell RNA sequenc ...
2021-06-27 10:21 0 210 推荐指数:
单细胞转录组确实是利器,但我们大多只利用了表达的信息,而从reads到表达之间的信息完全被我们忽略了。 最近nature发了一篇单细胞方法类文章,讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断。 velocyto velocyto-notebooks RNA ...
单细胞RNA测序技术之入门指南 【字体: 大 中 小 】 时间:2018年09月12日 来源:生物通 编辑推荐: 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”。若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属 ...
一个比原版更好用的RNA velocity分析工具:velocyto GitHub:https://github.com/velocyto-team/velocyto.R readthedoc:http://velocyto.org/velocyto.py/index.html 历史 ...
单细胞流程跑了不少,但依旧看不懂结果,是该好好补补了。 有些人可能会误会,觉得单细胞的RNA-seq数据很好分析,跟分析常规的RNA-seq应该没什么区别。今天的这篇文章2015年3月发表在Nature Genetics Review上,专门说明了一下单细胞RNA测序数据在数据分析和计算 ...
SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间 ...
上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传 SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人 ...
其实就是single cell RNA-seq的缩写,即单细胞RNA测序,或叫单细胞转录组测序。 ...
说明的是,单细胞测序和Bulk RNA-seq测序的区别,并不是测序本身的区别,它们同样是基于二代测序技 ...