目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组,肯定是首选。对于简单基因组,我跑了下,结果不佳。提了issue,张老师特意开发 ...
目录 . 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries . 其他有用操作 撤销与反撤销 移到边角料 . 主要纠错类型 上篇HiC挂载软件以及如何用Juice box手工纠错 我吐槽了Juicebox操作麻烦,且没有详细文档。今天在 d dna流程 D de novo assembly D DNA pipeline中 ...
2021-03-29 18:12 0 711 推荐指数:
目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组,肯定是首选。对于简单基因组,我跑了下,结果不佳。提了issue,张老师特意开发 ...
序列组装算法研究(CNKI) 对基因组组装算法的分析和研究(CNKI) 基于De Bruij ...
1. 前期准备 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因组重复程度 基因组大小估计 杂合情况 最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息,尤其是GC含量以及对应的GC分布,重复程度。 2. 测序策略 根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值 ...
原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装。long insert ...
参考:【干货】基因组组装你了解多少? -- 诺禾致源 动植物基因组de novo工作,其组装指标的好坏直接影响着整个基因组的质量。而评估基因组组装结果,contigN50和scaffoldN50是第一指标,即contig/ scaffoldN50:将contig/scaffold长度从长到 ...
和长度,改进了gap closing,更加适用于大型基因组组装。 (SOAPdenovo是为了组装大 ...
目录 1. 建立项目团体 2. 收集目标基因组信息 3. 设计最佳实验流程 4. 选择最佳测序平台和准备文库 5. 选择最佳DNA来源和提取方法 6. 检查计算资源与要求 7. 选择最佳计算设计和流程 8. 基因组组装 9. 在注释前检查组装 ...
目录 组装策略 辅助技术 PacBio补充 流程 主要分析内容 组装 评估 注释 比较基因组 组装策略 二代测序平台如Illumina、BGI,稳定可靠,数据质量高,成本低,读长短。 三代测序平台 ...