原文:【基因组组装】HiC挂载Juicebox纠错补充

目录 . 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries . 其他有用操作 撤销与反撤销 移到边角料 . 主要纠错类型 上篇HiC挂载软件以及如何用Juice box手工纠错 我吐槽了Juicebox操作麻烦,且没有详细文档。今天在 d dna流程 D de novo assembly D DNA pipeline中 ...

2021-03-29 18:12 0 711 推荐指数:

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基因组组装HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错

目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组,肯定是首选。对于简单基因组,我跑了下,结果不佳。提了issue,张老师特意开发 ...

Mon Mar 29 07:18:00 CST 2021 0 1036
基因组组装算法

序列组装算法研究(CNKI) 对基因组组装算法的分析和研究(CNKI) 基于De Bruij ...

Thu Jun 16 18:38:00 CST 2016 0 16483
基因组组装流程

1. 前期准备 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因组重复程度 基因组大小估计 杂合情况 最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息,尤其是GC含量以及对应的GC分布,重复程度。 2. 测序策略 根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值 ...

Sun Jun 12 23:05:00 CST 2016 0 16098
PacBio长reads的大基因组组装

原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装。long insert ...

Sun Jun 12 21:17:00 CST 2016 0 4778
基因组组装结果质量评估

参考:【干货】基因组组装你了解多少? -- 诺禾致源 动植物基因组de novo工作,其组装指标的好坏直接影响着整个基因组的质量。而评估基因组组装结果,contigN50和scaffoldN50是第一指标,即contig/ scaffoldN50:将contig/scaffold长度从长到 ...

Wed Jul 27 21:45:00 CST 2016 0 5327
基因组组装项目的十二步建议

目录 1. 建立项目团体 2. 收集目标基因组信息 3. 设计最佳实验流程 4. 选择最佳测序平台和准备文库 5. 选择最佳DNA来源和提取方法 6. 检查计算资源与要求 7. 选择最佳计算设计和流程 8. 基因组组装 9. 在注释前检查组装 ...

Tue Feb 02 06:35:00 CST 2021 0 549
动植物基因组组装要点小结

目录 组装策略 辅助技术 PacBio补充 流程 主要分析内容 组装 评估 注释 比较基因组 组装策略 二代测序平台如Illumina、BGI,稳定可靠,数据质量高,成本低,读长短。 三代测序平台 ...

Wed Jan 13 19:55:00 CST 2021 0 449
 
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