MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR
SSR (Simple Sequence Repeat)，即简单重复序列，是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术，也称为微卫星序列或者串联重复。 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元，比如5个碱基（ACGTA），连续进行重复多次的重复。根据重复单元的长短，可将其细分 ...
原文：mVISTA 多序列比对叶绿体基因组
mVISTA可对 个或者多个DNA序列进行比较，可以对比对结果进行可视化。 详情请大力戳这里 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类 必须文件 邮箱 fasta格式序列文件 或者GENBANK identifier 上传文件不得 gt Mb 可选文件 比对程序 一般选第 个即可 a. AVID b. LAGAN c. Shuffle LAGAN 序列名称 序列名称会显示在结果图片中 ...
2021-01-26 09:41 0 752 推荐指数：
相关推荐
二代数据组装叶绿体基因组
与核基因组相比，细胞器基因组相对来说，更为保守，并且序列较短，更加易于组装，仅仅根据二代测序reads即可进行组装。 下面简单介绍我在本项目中的方法，仅供参考。 1 数据 本次我使用的二代数据为50X。下机后，首先通过fastq对其进行过滤，改软件操作较为简单，仅仅使用-q 20 ...
【基因组组装评估】转录组比对率
做完基因组组装后，通常要评估基因组的质量，目前可以采用二三代数据比对回基因组看比对率和coverage，BUSCO，LAI等。转录组数据比对率也是我们常用的方法，通常可以排除转录组数据是否存在问题，也方便在后续注释中排除转录组数据样本的问题。 可以用HiSAT2比对来查看比对率 ...
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2
原文网址： http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占 ...
在物种水平上的宏基因组比对分析流程
文章链接：http://biorxiv.org/content/early/2016/10/15/081141 作者：Yee Voan Teo, Nicola Neretti 时间：2016.10.15 摘要： 许多宏基因组分类工具在宏基因组学领域 ...
基因组序列注释 （基因结构预测）
基因组组装完后需要对基因组序列进行注释。注释前首先得构建基因模型，有三种策略： 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点 基于转录组预测 ...
参考基因组
参考基因组版本命名参考基因组联盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配，纠正，增加基因组序列，以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 （Genome ...
genome repeat sequence | 基因组重复序列
基因组里的小写字母的序列就是soft masking，也就是被标记的重复序列。 怎么把重复序列提取出来，保存为bed文件？ 参考：Uppercase vs lowercase letters in reference genome ...