原文:Assemblytics鉴定基因组间SV

Assemblytics, 发表在Bioinformaticshttp: www.ncbi.nlm.nih.gov pubmed ,鉴定基因组间SV。 Githup,https: github.com marianattestad assemblytics 同时也可以在线使用,http: assemblytics.com Assemblytics 首先基于nucmer比对 color red c ...

2021-01-25 13:11 0 347 推荐指数:

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如何鉴定基因组加倍事件(WGD)

目前鉴定基因组加倍(whole-genome duplication events)有3种 通过染色体共线性(synteny) 方法是比较两个基因组的序列,并将同源序列的位置绘制成点状图,如果能在点状图中发现比较明显的长片段,切较多,便可以推测是由于大尺度的基因组重复以后 ...

Sun Dec 29 22:55:00 CST 2019 0 4710
基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
基于全基因组测序数据鉴定结构变异的四大类算法总结

不同类型的基因组变异示意图(图片来源:labspaces) 上次给大家总结介绍了基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的鉴定方法,今天给大家介绍结构变异(structural variations,SV ...

Tue Sep 24 19:31:00 CST 2019 0 503
参考基因组

参考基因组版本命名参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
动物基因组与植物基因组基本差异

看, 1.1高等植物基因组以复制负载为主,由单细胞祖先就决定,即高等植物的重复序列位于基因区,只复制不转 ...

Fri Dec 20 00:01:00 CST 2019 0 1047
NextDenovo 组装基因组

NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT,Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效),可通过correct--assemble对其进行组装。组装后, ...

Fri Jan 22 22:52:00 CST 2021 0 456
基因组转座元件

转座元件是一类能改变其自身在基因组当中的位置的DNA重复序列,它能够使得突变产生,也能“逆转”已有突变,它能改变生物细胞的遗传属性和基因组稳定性。1951年,美国冷泉港著名女性细胞遗传学家Barbara McClintock发表文章“Induction of Instability ...

Wed Jun 17 19:08:00 CST 2020 0 540
如何到NCBI提交基因组

1 步骤和说明 NCBI官方说明 点此处打开提交基因组页面 以下例子:纯菌的基因组草图用于新菌鉴定。 1.1 提交基因组数据到 NCBI 需要什么? .fsa 格式的基因组数据; fsa 就是用公司返回的 .sqn 的数据改为 .fsa 后缀,里面是 fasta格式 ...

Thu Mar 29 22:38:00 CST 2018 0 6181
 
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