原文:基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别 非编码RNA的预测 基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 重复序列的识别。 . 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列 Tendam repeat 和散在重复序列 Interpersed repeat 两大类。其中串联重复序列包括有微卫星序列,小卫星序列等等 散在重复序列又称转座子元件,包括以DNA DNA方式转 ...

2016-01-11 11:48 0 4001 推荐指数:

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基因组注释】ncRNA注释

目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等结果的统计 ...

Mon Oct 11 20:11:00 CST 2021 1 2029
SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
转录入门(4):了解参考基因组基因注释

任务列表 1.在UCSC下载hg19参考基因组; 2.从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截图几个基因的IGV可视化结构 4.下载ENSEMBL,NCBI的gtf,也导入IGV看看,截图 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
基因组序列注释基因结构预测)

基因组组装完后需要对基因组序列进行注释注释前首先得构建基因模型,有三种策略: 同源预测(homology-based prediction):有一些基因蛋白在相近物种间的保守型高,所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点 基于转录预测 ...

Sun Dec 22 01:29:00 CST 2019 0 4736
【转录入门】4:参考基因组注释文件

作业要求: 在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业,截图几个基因的IGV可视化结构!还可以下载ENSEMBL,NCBI的gtf,也导入IGV看看,截图基因结构 ...

Sun Jul 01 05:27:00 CST 2018 0 9768
MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR

SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复。 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一 ...

Sun Jan 24 05:52:00 CST 2021 0 399
使用BRAKER2进行基因组注释

来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录数据。 在使用软件之前,有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组。目前随着三代 ...

Mon Oct 14 21:16:00 CST 2019 0 485
 
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