一、假设检验 假设检验的基本思路是: 设立零假设(null hypothesis)H0,以及与零假设H0相对应的非零假设(alternative hypothesis)H1,在假设H0成立的前提下 ...
来源: http: blog.sciencenet.cn blog .html,http: brain.com thread .html SPM 允许两种FDR校验。一个是voxel wise FDR,另一个是topological FDR。 如果要做voxel wise FDR 校验,就把spm defaults里的 行的defaults.stats.topoFDR 改为 。 有很多朋友下载下来 ...
2015-10-28 15:41 0 3154 推荐指数:
一、假设检验 假设检验的基本思路是: 设立零假设(null hypothesis)H0,以及与零假设H0相对应的非零假设(alternative hypothesis)H1,在假设H0成立的前提下 ...
http://home.52brain.com/forum.php?mod=viewthread&tid=27066&page=1#pid170857 http://www.math ...
浅谈多重检验校正FDR Posted: 四月 12, 2017 Under: Basic By Kai no Comments 例如,在我们对鉴定到的差异蛋白做GO功能注释后,通常会计算一个p值。当某个蛋白的p值小于0.05(5%)时,我们通常认为这个蛋白在两个样本中的表达 ...
matlab自带函数mafdr,当ttest数较多时,可直接用[FDR, Q]=mafdr(P);但是Storey procedure在p值少于1000个时会崩溃,此时应改用BH FDR方法:mafdr(P,'BHFDR', true)。该方法对于少量ttest更稳健,但是更保守。 参考 ...
总结起来就三句话: (1)当同一个数据集有n次(n>=2)假设检验时,要做多重假设检验校正 (2)对于Bonferroni校正,是将p-value的cutoff除以n做校正,这样差异基因筛选的p-value cutoff就更小了,从而使得结果更加严谨 (3)FDR校正是对每个 ...
1.spm初学者教程:http://www.ernohermans.com/wp-content/uploads/2011/11/spm8_startersguide.pdf 2.spm官方mannual:http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/ 在spm官网上有,spm ...
差异表达分析之FDR 随着测序成本的不断降低,转录组测序分析已逐渐成为一种很常用的分析手段。但对于转录组分析当中的一些概念,很多人还不是很清楚。今天,小编就来谈谈在转录组分析中,经常会遇到的一个概念FDR,那什么是FDR?为什么要用FDR呢?一起来学习吧! 什么是FDR ...
p值还是 FDR ? 差异分析 如何筛选显著性差异基因,p value, FDR 如何选 经常有同学询问如何筛选差异的基因(蛋白)。已经计算了表达量和p value值,差异的基因(蛋白)太多了,如何筛选。其中最为关键的是需要对p value进行校正 ...