PYMOL分子比对


两种方式:

一,分子全局比对

1)导入第一个分子;

2)导入第二个分子;

3)选中第一个分子》A》align》to molecule》选中第二个分子

此时,会出现较多黄黄的线,难看死了;我猜全局比对只适合高度同源的分子;

 

二,分子局部比对

1)导入第一个分子;

2)导入第二个分子;

3)选择第一个分子的比对氨基酸序列,并重新命名A;

4)选择第二个分子的比对氨基酸序列,并重新命名B;

5)第一个分子的部分氨基酸序列对象A》A》align》to selection》第二个分子部分氨基酸序列对象B;

部分比对的示意图如下

 


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