Linux 安装运行Fastqc


1.从官网下载FastQC

https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

2.解压文件,并进入该文件

将其至于某个文件夹,unzip fastqc_v0.11.5.zip.

3.进入解压目录,设置可执行权限

chmod u+x fastqc #chmod 754 fastqc

4.配置环境变量

vim ~/.bashrc

export PATH=$PATH:/home/zhou/bio_solfware/FastQC/ # 添加至文件最后一行,注意这个是整个文件夹

source ~/.bashrc #使配置文件生效

5. 下载Java

5.1 下载Java, sudo apt install openjdk-8-jdk

5.2 查看Java是否安装成功 Java -version.

6. 常见Fastqc命名

fastqc -t 8 x.fastq -o ./test

 

 
 
 

 


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