TWAS分析
全基因组关联研究（GWASs）已经确定了数千种与许多复杂特征相关的遗传变异。然而，它们的生物学机制在很大程度上仍然是未知的。最近提出的全转录组关联研究(TWAS)是研究变异性状关联的潜在基因调控机制的宝贵工具。具体来说，TWAS整合了GWAS和基于一组共同变异的表达图谱研究，旨在确定其GReX与表型相关的基因。已经开发了各种方法来执行TWAS和/或类似的综合分析。每一种这样的方法都有不同的建模假设，许多方法最初都是为了回答不同的生物学问题而开发的。
Getting Started
软件安装跳过
bash
home=/data/yxh/software/FUSION
OUT=/data/yxh/software/FUSION/result
Rscript ${home}/fusion_twas-master/FUSION.assoc_test.R \
--sumstats PGC2.SCZ.sumstats \
--weights ${home}/WEIGHTS/GTEx.Whole_Blood.pos \
--weights_dir ${home}/WEIGHTS/ \
--ref_ld_chr ${home}/LDREF/1000G.EUR. \
--chr 22 \
--out ${OUT}/PGC2.SCZ.22.dat
done
搞不了，plink2R死也装不上