【以下问题是在虚拟机ubantu18.04上操作是遇到的问题】
安装转换GWAS summary data.txt文件为.sumstats文件的软件LDSC：
- 1、git clone 下载提示错误：
error: RPC failed; curl 18 transfer closed with outstanding read data remaining
fatal: The remote end hung up unexpectedly
fatal: early EOF
fatal: index-pack failed
原因：git clone 缓存不够，网速限制
解决方法：增加postBuffer ： git config --global http.postBuffer 5242880000（5000 * 1024 * 1024），这里给了5G，可视情况而定，下载时关闭其他应用
- 2、创建依赖环境
conda env create --file environment.yml提示错误：
Preparing transaction: done Verifying transaction: / WARNING conda.core.path_actions:verify(963): Unable to create environments file. Path not writable. environment location: /home/codedancing/.conda/environments.txt
Executing transaction: \ WARNING conda.core.envs_manager:register_env(52): Unable to register environment. Path not writable or missing. environment location: /usr/local/anaconda3/envs/python3.6 registry file: /home/codedancing/.conda/environments.txt
原因：注意软件权限问题，安装anaconda时自动以root账户创建了~/.conda，而当前用户权限不足，需要修改权限
解决方法：ubantu的直接sudo chmod 777 ~/.conda/* 或 sudo chmod 777 -R /home/gwm/anaconda3（注意安装路径）
- 3、./munge_sumstats.py -h提示错误：
- bash环境下操作:
File "./munge_sumstats.py", line 583
if args.daner_n:
TabError: inconsistent use of tabs and spaces in indentation
原因：对比ldsc环境已安装的包与environment.yml文件里的包之间的差异，发现环境ldsc中缺少scipy包
解决方法：conda install scipy
安装Fusion依赖plink2R
- plink2R有个问题就是plink2R无法在R3.6.1以上的版本中运行，并且此软件也不打算更新，而安装GitHub软件用到的R包devtools只能在R3.6.1以上的版本中运行！！！
- 之前有人对plink2R进行了改进，使得plink2R可以在R3.6.1以上版本中运行，可以使用下面的方法进行安装：
sudo apt install r-base=3.6.3-2
进入R
install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github("carbocation/plink2R/plink2R", ref="carbocation-permit-r361")
- 但现在那个更改后的plink2R软件已被修改作者删除，所以需要使用plink2R可以试试以下操作：
- 有之前下载过修改后的plink2R包的话，可以直接放在R包目录下，然后library(plink2R)，再安装提示的依赖包即可，这是我之前下载的plink2R包（于2020年04月）[链接：(https://pan.baidu.com/s/1zi-LtpZRqHtY1cVCM8BGdA),提取码：opvx]
- 自己修改一下之前的plink2R包(可以参考这个回答> Windows环境下解决plink2R的安装error)
- 用另外的包，如BEDMatrix代替
- 换个方法吧，基于GWAS summary data的TWAS框架下有许多方法，如MetaXcan,UTMOST,MR-TJI,SMR等