【以下問題是在虛擬機ubantu18.04上操作是遇到的問題】
安裝轉換GWAS summary data.txt文件為.sumstats文件的軟件LDSC：
- 1、git clone 下載提示錯誤：
error: RPC failed; curl 18 transfer closed with outstanding read data remaining
fatal: The remote end hung up unexpectedly
fatal: early EOF
fatal: index-pack failed
原因：git clone 緩存不夠，網速限制
解決方法：增加postBuffer ： git config --global http.postBuffer 5242880000（5000 * 1024 * 1024），這里給了5G，可視情況而定，下載時關閉其他應用
- 2、創建依賴環境
conda env create --file environment.yml提示錯誤：
Preparing transaction: done Verifying transaction: / WARNING conda.core.path_actions:verify(963): Unable to create environments file. Path not writable. environment location: /home/codedancing/.conda/environments.txt
Executing transaction: \ WARNING conda.core.envs_manager:register_env(52): Unable to register environment. Path not writable or missing. environment location: /usr/local/anaconda3/envs/python3.6 registry file: /home/codedancing/.conda/environments.txt
原因：注意軟件權限問題，安裝anaconda時自動以root賬戶創建了~/.conda，而當前用戶權限不足，需要修改權限
解決方法：ubantu的直接sudo chmod 777 ~/.conda/* 或 sudo chmod 777 -R /home/gwm/anaconda3（注意安裝路徑）
- 3、./munge_sumstats.py -h提示錯誤：
- bash環境下操作:
File "./munge_sumstats.py", line 583
if args.daner_n:
TabError: inconsistent use of tabs and spaces in indentation
原因：對比ldsc環境已安裝的包與environment.yml文件里的包之間的差異，發現環境ldsc中缺少scipy包
解決方法：conda install scipy
安裝Fusion依賴plink2R
- plink2R有個問題就是plink2R無法在R3.6.1以上的版本中運行，並且此軟件也不打算更新，而安裝GitHub軟件用到的R包devtools只能在R3.6.1以上的版本中運行！！！
- 之前有人對plink2R進行了改進，使得plink2R可以在R3.6.1以上版本中運行，可以使用下面的方法進行安裝：
sudo apt install r-base=3.6.3-2
進入R
install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github("carbocation/plink2R/plink2R", ref="carbocation-permit-r361")
- 但現在那個更改后的plink2R軟件已被修改作者刪除，所以需要使用plink2R可以試試以下操作：
- 有之前下載過修改后的plink2R包的話，可以直接放在R包目錄下，然后library(plink2R)，再安裝提示的依賴包即可，這是我之前下載的plink2R包（於2020年04月）[鏈接：(https://pan.baidu.com/s/1zi-LtpZRqHtY1cVCM8BGdA),提取碼：opvx]
- 自己修改一下之前的plink2R包(可以參考這個回答> Windows環境下解決plink2R的安裝error)
- 用另外的包，如BEDMatrix代替
- 換個方法吧，基於GWAS summary data的TWAS框架下有許多方法，如MetaXcan,UTMOST,MR-TJI,SMR等