TWAS分析
全基因組關聯研究（GWASs）已經確定了數千種與許多復雜特征相關的遺傳變異。然而，它們的生物學機制在很大程度上仍然是未知的。最近提出的全轉錄組關聯研究(TWAS)是研究變異性狀關聯的潛在基因調控機制的寶貴工具。具體來說，TWAS整合了GWAS和基於一組共同變異的表達圖譜研究，旨在確定其GReX與表型相關的基因。已經開發了各種方法來執行TWAS和/或類似的綜合分析。每一種這樣的方法都有不同的建模假設，許多方法最初都是為了回答不同的生物學問題而開發的。
Getting Started
軟件安裝跳過
bash
home=/data/yxh/software/FUSION
OUT=/data/yxh/software/FUSION/result
Rscript ${home}/fusion_twas-master/FUSION.assoc_test.R \
--sumstats PGC2.SCZ.sumstats \
--weights ${home}/WEIGHTS/GTEx.Whole_Blood.pos \
--weights_dir ${home}/WEIGHTS/ \
--ref_ld_chr ${home}/LDREF/1000G.EUR. \
--chr 22 \
--out ${OUT}/PGC2.SCZ.22.dat
done
搞不了，plink2R死也裝不上