1. 准备文件：
- ref.fa
- ref.gtf或者gff3，最好是gtf3，可将gff3转化为gtf
- sample.vcf
2. 用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为reference_refGene.txt （软件来自http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/）
gtfToGenePred.dms -genePredExt ref.gtf SP_refGene.txt &
gtf：
SpoScf_00032 maker exon 12508 13665 . + . transcript_id "Spo06120"; gene_id "Spo06120";
SpoScf_00032 maker exon 14070 17062 . + . transcript_id "Spo06120"; gene_id "Spo06120";
SpoScf_00032 maker exon 17626 17899 . + . transcript_id "Spo06120"; gene_id "Spo06120";
SpoScf_00032 maker exon 17979 18066 . + . transcript_id "Spo06120"; gene_id "Spo06120";
3. 将ref.fa文件转化为SP_refGeneMrna.fa
1 perl retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile ref.fa SP_refGene.txt Sp_refGeneMrna.fa
4. 再将vcf文件转化为annovar格式
1 perl convert2annovar.pl -includeinfo -allsample -withfreq -format vcf4 sample.VCF >sample.avinput 2 3 4 5 6 ## 7 --includeinfo: 输出文件含有特定额外的信息 8 --allsample： 多样本的vcf，输出多个样本的结果 9 --withfreq： 输出文件包含频率信息 10 --format： 输入文件格式
5. 用table_annovar.pl进行注释（可一次性完成三种类型的注释, 本次只有基于基因)
1 perl ../table_annovar.pl test.avinput sp/ --buildver SP --outfile myanno --protocol refGene --operation g 2 3 ##参数 4 sp: 含有SP_refGeneMrna.fa和SP_refGene.txt文件夹 5 --buildver: 基因组建立的版本 6 --outfile： 输出文件前缀 7 --protocol： 逗号分隔的注释流程，代表库的名字 8 --operation： g（gene），r（region），f（filter）
最终得到两个注释文件文件和一个log文件exonic_variant_function和variant_function
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