FASTQ 文件格式转换为 FASTA 格式


1.利用Linux命令:awk

2.用法如下:

awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta

3.上述用法注意事项:

fastq文件必须是解压格式的,不能是gz后缀的,虽然命令也能正常运行,但是查看文件的时候,

发现里面的内容都是乱码的。

 

Ps:现在想想,Linux有些命令还是挺强大的。

比如:awk、tr、sed等,有空还是要学一下的

 


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