1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值。phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量 ...
.利用Linux命令:awk .用法如下: awk if NR print gt substr , if NR print fastq gt fasta .上述用法注意事项: fastq文件必须是解压格式的,不能是gz后缀的,虽然命令也能正常运行,但是查看文件的时候, 发现里面的内容都是乱码的。 Ps:现在想想,Linux有些命令还是挺强大的。 比如:awk tr sed等,有空还是要学一下的 ...
2017-09-22 17:10 0 4317 推荐指数:
1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值。phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量 ...
1、FASTA文件的格式 在生物信息学中,FASTA格式(又称为Pearson格式)是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来表示,且允许在序列前添加序列名及注释。 FASTA文件以序列表示和序列作为一个基本单元,各行记录信息如下: 第一 ...
fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的。现在几乎是高通量测序的标准格式。NCBI Short Read Archive也是这格式,多了一些描述性词汇而已。 基本格式 包含四行,第一行由'@'开始,后面 ...
FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式。为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码。最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基 ...
@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT ...
参考: Graphviz: How to go from .dot to a graph? 将 Graphviz .dot 文件转换为其他格式的图像 在Linux系统下,使用以下命令: 其中,通过-Tpdf和-o参数指定输出文件名及格式。 此外,在Windows系统下 ...
public class CSVToJSon { private List<String> stringToList(String s, String sep) { ...