原文:【變異檢測】CNV PAV INV TRANS變異檢測

前言 SV 大片段結構變異 指在基因組水平上大片段的insertion,deletion,inversion,translocation,duplication等變異。 SV檢測分重測序部分和基因組部分,重測序又分二代測序數據和三代測序數據之分。每種分析方法用到的軟件是不一樣的,但結果可能有重疊部分。 針對於基因組,檢測出的SV的准確度主要取決於基因組組裝質量,三代組裝的結果更優於二代組裝,以及基 ...

2022-04-18 17:22 0 5162 推薦指數:

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變異檢測CNV分析和應用

前言 拷貝數變異(copy number variation ,CNV)是指基因組上某些大片段的拷貝數增加或減少,可分為缺失(deletion)和重復(duplication)兩種類型。CNV是一種基因組結構變異,可通過改變基因劑量和轉錄結構 ...

Tue Apr 19 19:10:00 CST 2022 0 3263
DNA拷貝數變異CNV檢測——基礎概念篇

一、CNV 簡介 拷貝數異常(copy number variations, CNVs)是屬於基因組結構變異(structural variation),根據大小可分為兩個層次:顯 微水平(microscopic)和亞顯微水平(submicroscopic)。顯微水平 ...

Thu Jan 25 02:20:00 CST 2018 0 3627
DNA拷貝數變異CNV檢測——基礎概念篇

DNA拷貝數變異CNV檢測——基礎概念篇 一、CNV 簡介 拷貝數異常(copy number variations, CNVs)是屬於基因組結構變異(structural variation),根據大小可分為兩個層次:顯 微水平 ...

Tue Oct 16 17:59:00 CST 2018 0 7389
變異檢測】SNP INDEL檢測

重測序SNP和INDEL變異檢測主要有3套方案,samtools+bcftools、GATK、assembly-versus-assembly 1.samtools+bcftools方法 samtools和bcftools是我們做生信最常用的軟件之一,功能非常的強大。這套軟件組合 ...

Sat Apr 09 01:23:00 CST 2022 0 2454
[原]基因組變異檢測概述

考慮到cnblog不適合基因組領域這種類型的文章,進過多番折騰,終於用jekyll+github搭了個獨立博客www.huangshujia.me,現在博客已經搬遷! 首先,在開始之前我 ...

Sun Sep 29 08:19:00 CST 2013 5 3582
【7】基於NGS檢測體系變異解讀和數據庫介紹

目錄 解讀相關專業術語 體系變異解讀規則 體系變異和用葯解讀流程 主要數據庫介紹 解讀相關專業術語 2個概念:胚系、體系突變 4種變異類型:SNV、Indel、融合/SV(大的易位/倒位/缺失)、CNV 2個免疫指標:TMB、MSI ...

Fri Aug 28 17:29:00 CST 2020 0 1178
變異函數

變異函數 半變異函數通常會應用在克里金插值中,用於檢驗所采集的樣本數據中是否存在空間自相關。若空間自相關弱或沒有空間自相關則不能用克里金進行插值。那用什么呀?我現在還沒學到😂 意義: 對空間自相關這一概念進行了量化分析,研究其鄰近范圍到底相似多少。 半變異函數的定義: 半變異函數 ...

Fri May 08 21:03:00 CST 2020 0 2463
 
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