基因組注釋主要包括四個研究方向：重復序列的識別；非編碼RNA的預測；基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義：重復序列可分為串聯重復序列（Tendam repeat）和散在重復序列 ...

參考基因組版本命名參考基因組聯盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配，糾正，增加基因組序列，以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 （Genome ...

作業要求： 在UCSC下載hg19參考基因組，我博客有詳細說明，從gencode數據庫下載基因注釋文件，並且用IGV去查看你感興趣的基因的結構，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作業，截圖幾個基因的IGV可視化結構！還可以下載ENSEMBL，NCBI的gtf，也導入IGV看看，截圖基因結構 ...

What Ensembl genome version should I use for alignments? (e.g. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa) ...

ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | ...

　　GTF文件的全稱是gene transfer format，主要是對染色體上的基因進行標注。怎么理解呢，其實所謂的基因名，基因座等，都只是后來人們給一段DNA序列起的名字而已，還原到細胞中就是細胞核里面的一條長長的染色體（DNA序列）。而這個GTF文件的主要功能，就是指出我們所謂的基因在染色體 ...

植物vs動物總結版： 簡述高等植物基因組（可以以擬南芥和水稻基因組為例）與高等動物基因組（可以以人類、果蠅等基因組為例）在基因結構層面展示出來的基本差異。 高等植物基因組與高等動物基因組在基因結構上的基本差異主要是生命組學的第一困境，即復制-轉錄負載困境。 機制： 1.從平衡流 ...

參考基因組fasta文件添加index 命令一 命令二 (投遞任務時，500M內存夠用) 命令三 這三個命令下來，建立的參考基因組的index夠大部分生信流程用 ...