NCBI下載SRA數據
從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情，但是今天碰到幾個坑： 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網，直接在SRA搜索欄里： 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...
原文：3.測序SRA數據下載與轉換
一 官方下載工具Sratoolkit安裝 推薦使用conda直接安裝，避免配置環境的麻煩，但sratoolkit在conda鏡像中的包名為sra tools 二 SRA文件下載地址獲取 .NCBI GEO數據庫下載地址 .輸入GEO Accession 如GSE ，點擊搜索，找到測序SRA文件 . 下載Accession List：一個txt文件包含所有的測序樣本名稱，均對應於上圖左下角的Run ...
2022-02-18 16:54 0 1003 推薦指數：
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GEO數據下載分析（SRA、SRR、GEM、SRX、SAMN、SRS、SRP、PRJNA全面解析）
到數據的總覽： 現在我們已經從ftp上下載了該文章的所有sra數據。 ...
NCBI SRA數據庫
簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院（NIH）的高通量測序數據的主要歸檔，是國際核苷酸序列數據庫協作（INSDC）的一部分，其中包括NCBI序列讀取存檔（SRA），歐洲生物信息學研究所（EBI）和DNA數據庫 日本（DDBJ）。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...