原文:【基因組學】maker的安裝和注釋

本文默認讀者有一定的生信基礎,沒有基礎的可以閱讀以前的筆記內容。 conda install perl bioperl conda update conda conda install n maker maker . . y 然后就安裝好了。 后面的具體流程我繼續往下講。 后面的坑不用看了,直接看上面的。 maker作為比較受人認可的基因組注釋軟件,其流程較為清晰簡單。 不知何故,我的conda無 ...

2022-01-09 19:03 10 2842 推薦指數:

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基因組學技術新進展與展望

基因組學技術新進展與展望 於軍 任魯風 王緒敏 (中國科學院北京基因組研究所) 近十年來,由“下一代測序(next generation sequencing; NGS)”技術引領的基因組科學與技術正在一個空前的高速度推動下迅猛發展。這個發展勢頭的加速度之高,其研究成果 ...

Wed Oct 09 04:26:00 CST 2019 0 1131
比較基因組學中-利用單拷貝基因構建進化樹

(1)同源基因的查找   OrthoMCL or Orthofinder; (2)多序列比對   Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee, Muscle 效果好點 (3)調取保守區域,並收尾連接,形成supergene   Gblocks ...

Sat Apr 11 18:26:00 CST 2020 0 3277
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
如何注釋基因組中的tRNA + 安裝tRNAscan-SE

簡介 tRNA:tRNA是mRNA翻譯到蛋白的步驟中根據密碼子搬運氨基酸的RNA。這個結構的最核心部位就是與密碼子配對的三位鹼基。tRNA長得像一個三葉草,大概76-90 bp,所以除了三位鹼 ...

Thu Jul 27 05:05:00 CST 2017 0 1710
基因組注釋】GMAP安裝使用問題

homology策略預測基因結構,下載了公共mRNA/CDS序列,考慮用gmap比對。本來是個很簡單的腳本,但總是不那么順利。 無論是用conda安裝,還是源碼安裝較新版本,都存在問題。 第一步建立索引都沒問題。但比對時,沒報錯,出現如下: 結果是cds_gene.gff3除了表頭 ...

Fri Apr 16 06:43:00 CST 2021 0 336
基因組注釋】ncRNA注釋

目錄 1. ncRNA 2. 軟件 tRNA注釋 rRNA注釋 其他ncRNA注釋 3. 注釋 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等結果的統計 ...

Mon Oct 11 20:11:00 CST 2021 1 2029
SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)

之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
 
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