見命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 參考鏈接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...
shell命令: 其中counts是bcftools的一個插件 plugin 后面接上的 filename即為需要查看的vcf文件 示例: 這里使用千牛基因組Run 數據做例子 shell命令和運行結果: REF https: samtools.github.io bcftools bcftools.html ...
2021-12-23 22:56 0 1996 推薦指數:
見命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 參考鏈接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...
通過GATK calling出來的SNP如果使用UnifiedGenotype獲得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD則需要Vcf文件是multi-sample的,這里就需要我們將不同samples的文件進行合並,可以通過vcftools的perl模塊進行 ...
在對vcf的操作有這樣三個軟件: 利用Bcftools按樣本拆分文件主要利用了“--view”這個軟件包,主要代碼如下: 這里面三個參數: 就可以完成了。 ...
1、下載安裝bcftools。 2、准備樣本ID文件,這里命名為samplelistname.txt,一個樣本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3、輸入命令: bcftools view -S samplelistname.txt ...
做群體變異檢測后,通常會有提取子集的操作,之前沒有發現bcftools有這個功能,都是自己寫腳本操作,數據量一上來,速度真的是讓人無語凝噎。這里記錄下提取子vcf文件的用法,軟件版本:bcftools-1.5 一、根據個體提取子集 根據樣品名提取vcf文件,准備要保留的個體名文件 ...
1. bgzip 壓縮 vcf 文件為 gz 文件 bgzip -c T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf >T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gzbgzip -c ...
1. 軟件的安裝 a. bcftools 的安裝 b. bgzip的安裝: https://blog.csdn.net/weixin_30471065/article/details/95108525 下載鏈接:https://github.com/samtools/htslib ...
1、bcftools提取指定區段的vcf文件 下載安裝bcftools 見如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:輸入 ...