原文:使用bcftools查看vcf文件所含位點數量信息

shell命令: 其中counts是bcftools的一個插件 plugin 后面接上的 filename即為需要查看的vcf文件 示例: 這里使用千牛基因組Run 數據做例子 shell命令和運行結果: REF https: samtools.github.io bcftools bcftools.html ...

2021-12-23 22:56 0 1996 推薦指數:

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bcftools合並vcf文件

見命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz   參考鏈接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...

Fri Jul 06 23:10:00 CST 2018 5 1305
Bcftools】合並不同sample的vcf文件,通過bcftools

通過GATK calling出來的SNP如果使用UnifiedGenotype獲得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD則需要Vcf文件是multi-sample的,這里就需要我們將不同samples的文件進行合並,可以通過vcftools的perl模塊進行 ...

Fri Jul 13 23:07:00 CST 2018 0 4474
BCFTOOLS】按樣本拆分VCF文件

在對vcf的操作有這樣三個軟件: 利用Bcftools按樣本拆分文件主要利用了“--view”這個軟件包,主要代碼如下: 這里面三個參數: 就可以完成了。 ...

Fri Jul 13 18:05:00 CST 2018 0 1418
bcftools 提取vcf(snp/indel)文件子集

做群體變異檢測后,通常會有提取子集的操作,之前沒有發現bcftools有這個功能,都是自己寫腳本操作,數據量一上來,速度真的是讓人無語凝噎。這里記錄下提取子vcf文件的用法,軟件版本:bcftools-1.5 一、根據個體提取子集 根據樣品名提取vcf文件,准備要保留的個體名文件 ...

Thu Nov 28 05:24:00 CST 2019 0 989
 
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