【Bcftools】合並不同sample的vcf文件，通過bcftools

通過GATK calling出來的SNP如果使用UnifiedGenotype獲得的SNP文件是分sample的，但是如果使用vcftools或者ANGSD則需要Vcf文件是multi-sample的，這里就需要我們將不同samples的文件進行合並，可以通過vcftools的perl模塊進行，但是這種方式對perl的要求較高，且操作比較復雜，這里我們選擇使用Bcftools，操作簡便。

 

分三步：

 

1. 將vcf進行壓縮，批量壓縮的方法：

bgzip -c -f -@ 10 merge.vcf > merge.vcf.gz

-c, --stdout            write on standard output, keep original files unchanged
-f, --force             overwrite files without asking
-@, --threads INT       number of compression threads to use [1]

 

2. 對生成的vcf.gz進行index：

bcftools index [options] <in.bcf>|<in.vcf.gz>

-t, --tbi            generate TBI-format index for VCF files

 

3.合並操作：

bcftools merge [options] <A.vcf.gz> <B.vcf.gz> [...]

-m, --merge <string>               allow multiallelic records for <snps|indels|both|all|none|id>, see man page for details [both]
-o, --output <file>                write output to a file [standard output]
-O, --output-type <b|u|z|v>        'b' compressed BCF; 'u' uncompressed BCF; 'z' compressed VCF; 'v' uncompressed VCF [v]
-l, --file-list <file>             read file names from the file