對於pathway 數據庫而言,我們最常見的就是利用KEGG 富集分析挖掘其中的信息,得到顯著富集的幾條通路; 對於代謝通路而言,不同的通路之間是會有相互關系的,比如在上游的通路中產生的代謝產物,進入下游的通路繼續發揮作用。 pathway和pathway 之間存在一個上下游的關系,所有 ...
IPA做得不錯,但是收費,這里分析一下這個軟件是怎么設計的,有哪些核心的數據和分析模塊。 軟件鏈接:QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis QIAGEN IPA 軟件價格: 萬美金 年,一個普通的研究所 學院,每年發 篇 分以上的paper,那每篇的成本就是 萬人民幣,太貴了。 國內目前也就 家買了,那每年的營收大概就是 萬美金,全球x ,那就是一年 萬美金的營收。 宣 ...
2021-12-23 12:31 0 3451 推薦指數:
對於pathway 數據庫而言,我們最常見的就是利用KEGG 富集分析挖掘其中的信息,得到顯著富集的幾條通路; 對於代謝通路而言,不同的通路之間是會有相互關系的,比如在上游的通路中產生的代謝產物,進入下游的通路繼續發揮作用。 pathway和pathway 之間存在一個上下游的關系,所有 ...
本文是針對南京大學《軟件分析》譚添老師的視頻課的課堂筆記。 1.Motivation 此前我們討論的問題都是過程內的,也就是不涉及到方法調用。然而實際程序中方法調用屢見不鮮,繼續采用之前的分析方法會丟失精度,這也就是為什么我們需要過程(間)分析。二者的區別如下: 過程內分析 ...
data.tsv > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t") > library(ggplot2) > p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,Pathway)) > ...
目錄: overview download quick start 【Overview】 MAGMA是一個用於GWAS數據分析的軟件,首次發表於文章: de Leeuw C, Mooij J, Heskes T, Posthuma D (2015 ...
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱,是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目,從分 ...
pacbio 公司把三代測序常用軟件整合起來,做成了一個在線的分析軟件,類似於galaxy; 安裝過程如下,參考官網給的指導手冊 http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09 ...
分析工具 1、疊加分析 2、提取分析 3、統計分析 4、領域分析 ...
一、生存分析(survival analysis)的定義 生存分析:對一個或多個非負隨機變量進行統計推斷,研究生存現象和響應時間數據及其統計規律的一門學科。 生存分析:既考慮結果又考慮生存時間的一種統計方法,並可充分利用截尾數據所提供的不完全信息,對生存時間的分布特征進行描述,對影響生存 ...