pacbio 公司把三代測序常用軟件整合起來，做成了一個在線的分析軟件，類似於galaxy;
安裝過程如下，參考官網給的指導手冊
http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf
1）首先下載安裝包：
wget https://s3.amazonaws.com/files.pacb.com/software/smrtanalysis/2.3.0/ smrtanalysis_2.3.0.140936.run
2） 創建一個用戶，用於smrt 分析
useradd -G smrtanalysis -p 123456 smrtanalysis
3) 切換到新建的用戶，進行安裝
su smrtanalysis
4) 設置環境變量
在系統的配置文件中添加下面幾個環境變量， 編輯 /etc/bashrc 文件
SMRT_ROOT=/opt/smrtanalysis/ SMRT_USER=smrtanalysis SMRT_GROUP=smrtanalysis
修改完之后，記得 source /etc/bashrc
5） 安裝
bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run --rootdir $SMRT_ROOT
在安裝過程中，會提示一系列需要修改的信息，比如IP地址， 端口號等，對應的選擇就好
6） 啟動服務
$SMRT_ROOT/admin/bin/smrtportald-initd start $SMRT_ROOT/admin/bin/kodosd start
在瀏覽器中輸入對應的網址，記得加端口號， 比如我的網址是http://192.168.0.6:8080/ ， 如果看到下邊這個界面，就證明安裝成功了；
pacbio 官方的文檔還是特別的詳細的，按照官網的來基本不會有什么問題
需要注意的是，很多smrt analysis 中集成的軟件是不提供獨立安裝的，只能通過安裝smrt analysis 軟件來獲取對應的軟件，比如HGAP
當我們想要通過命令行訪問對應的程序時，可以通過下面的方式
su smrtanalysis source /opt/smrtanalysis/install/smrtanalysis_2.3.0.140936/etc/setup.sh
source 完之后，一些smrt analysis 集成的軟件就可以通過命令行訪問了，比如 h5dump 查看h5 文件的內容