pacbio 公司把三代測序常用軟件整合起來,做成了一個在線的分析軟件,類似於galaxy;
安裝過程如下,參考官網給的指導手冊
http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf
1)首先下載安裝包:
wget https://s3.amazonaws.com/files.pacb.com/software/smrtanalysis/2.3.0/ smrtanalysis_2.3.0.140936.run
2) 創建一個用戶,用於smrt 分析
useradd -G smrtanalysis -p 123456 smrtanalysis
3) 切換到新建的用戶,進行安裝
su smrtanalysis
4) 設置環境變量
在系統的配置文件中添加下面幾個環境變量, 編輯 /etc/bashrc 文件
SMRT_ROOT=/opt/smrtanalysis/ SMRT_USER=smrtanalysis SMRT_GROUP=smrtanalysis
修改完之后,記得 source /etc/bashrc
5) 安裝
bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run --rootdir $SMRT_ROOT
在安裝過程中,會提示一系列需要修改的信息,比如IP地址, 端口號等,對應的選擇就好
6) 啟動服務
$SMRT_ROOT/admin/bin/smrtportald-initd start $SMRT_ROOT/admin/bin/kodosd start
在瀏覽器中輸入對應的網址,記得加端口號, 比如我的網址是http://192.168.0.6:8080/ , 如果看到下邊這個界面,就證明安裝成功了;
pacbio 官方的文檔還是特別的詳細的,按照官網的來基本不會有什么問題
需要注意的是,很多smrt analysis 中集成的軟件是不提供獨立安裝的,只能通過安裝smrt analysis 軟件來獲取對應的軟件,比如HGAP
當我們想要通過命令行訪問對應的程序時,可以通過下面的方式
su smrtanalysis source /opt/smrtanalysis/install/smrtanalysis_2.3.0.140936/etc/setup.sh
source 完之后,一些smrt analysis 集成的軟件就可以通過命令行訪問了,比如 h5dump 查看h5 文件的內容