原文:【代碼更新】單細胞分析實錄(21): 非負矩陣分解(NMF)的R代碼實現,只需兩步,啥圖都有

. 起因 之前的代碼 單細胞分析實錄 : 非負矩陣分解 NMF 代碼演示 沒有涉及到python語法,只有 個python命令行,就跟Linux下面的ls grep一樣的。然鵝,有幾個小伙伴不會命令行,所以我決定再改寫一下,把命令行都放到R下面運行。 . 嘗試 . 一開始,我的想法是教大家在R里面調用python,需要提前下載好anaconda和一些python包 然而想了想在Windows上安 ...

2021-11-04 14:51 0 214 推薦指數:

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單細胞分析實錄(17): 矩陣分解(NMF)代碼演示

本次演示使用的數據來自2017年發表於Cell的頭頸鱗癌單細胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供處理 ...

Sat Jul 24 01:27:00 CST 2021 0 151
單細胞分析實錄(16): 矩陣分解(NMF)檢測細胞異質性

相信做過腫瘤單細胞的小伙伴對這個分析並不陌生,如果多讀幾篇文獻,就能在CNS以及大子刊上面看到這個分析矩陣分解(Nonnegative Matrix Factorization,NMF)是在矩陣中所有元素均為負數約束條件之下的矩陣分解方法。 基本思想:給定一個矩陣V, NMF ...

Sat Jun 26 04:14:00 CST 2021 0 216
矩陣分解NMF)原理及算法實現

一、矩陣分解回想 矩陣分解是指將一個矩陣分解個或者多個矩陣的乘積。對於上述的用戶-商品(評分矩陣),記為能夠將其分解個或者多個矩陣的乘積,如果分解矩陣和 。我們要使得矩陣和 的乘積能夠還原原始的矩陣 當中,矩陣表示的是m個用戶於k個主題之間的關系,而矩陣表示的是k個主題與n ...

Fri Jul 27 01:23:00 CST 2018 4 5652
推薦算法——矩陣分解(NMF)

一、矩陣分解回想 在博文推薦算法——基於矩陣分解的推薦算法中,提到了將用戶-商品矩陣進行分解。從而實現對未打分項進行打分。 矩陣分解是指將一個矩陣分解個或者多個矩陣的乘積。對於上述的用戶-商品矩陣(評分矩陣),記為 Vm×n 。能夠將其分解 ...

Thu Aug 10 16:02:00 CST 2017 1 8958
文本主題模型之矩陣分解(NMF)

    在文本主題模型之潛在語義索引(LSI)中,我們講到LSI主題模型使用了奇異值分解,面臨着高維度計算量太大的問題。這里我們就介紹另一種基於矩陣分解的主題模型:矩陣分解(NMF),它同樣使用了矩陣分解,但是計算量和處理速度則比LSI快,它是怎么做到的呢? 1. 矩陣分解(NMF)概述 ...

Fri May 05 22:19:00 CST 2017 13 18336
 
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