1.基因染色體定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一個 文件准備: ①染色體長度信息 ②基因位置信息 #①:染色體長度文件 用基因組序列提取每條染色體的長度信息,結果是NC_開頭的基因組編號,不是染色體號 記錄 ...
之前寫過三篇和CNV相關的帖子,如果你做腫瘤單細胞轉錄組,大概率看過: 單細胞分析實錄 : inferCNV的基本用法 單細胞分析實錄 : 如何推斷腫瘤細胞 單細胞分析實錄 : inferCNV結合UPhyloplot 分析腫瘤進化 其中,第三篇帖子里面有兩個注釋代碼,可以在基因和染色體長短臂兩個層面對CNV做注釋 這次對tree anno.R代碼做了更新,簡單來說就是對原始CNV region的 ...
2021-10-30 13:16 0 183 推薦指數:
1.基因染色體定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一個 文件准備: ①染色體長度信息 ②基因位置信息 #①:染色體長度文件 用基因組序列提取每條染色體的長度信息,結果是NC_開頭的基因組編號,不是染色體號 記錄 ...
資料來源: 細胞、染色體、DNA和基因的關系 細胞核中包含染色體,人體共有23對染色體(22+XY/XX),染色體由DNA組成,DNA是由互補鹼基對組成的雙螺旋結構,DNA鏈中只有一部分信息可以編碼為蛋白質,這些蛋白質是構成細胞和組織最小的組成成分,這些有效編碼的部分稱為gene,而不能有效編碼 ...
1. 起因 之前的代碼(單細胞分析實錄(17): 非負矩陣分解(NMF)代碼演示)沒有涉及到python語法,只有4個python命令行,就跟Linux下面的ls grep一樣的。然鵝,有幾個小伙伴不會命令行,所以我決定再改寫一下,把命令行都放到R下面運行。 2. 嘗試 2.1 一開始 ...
什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of a particular gene varies from one individual ...
最近Cell Systems雜志發表了一篇針對現有幾種檢測單細胞測序doublet的工具的評估文章,系統比較了常見的例如Scrublet、DoubletFinder等工具在檢測准確性、計算效率等方面的優劣,以及比較了使用不同方法去除doublet后對下游DE分析、軌跡分析的影響。 現有的檢測 ...
歡迎來到"bio生物信息"的世界 1 前言 早期的研究普遍只做常染色體的全基因組關聯分析,很少做性染色體的。 主要原因是性染色體的遺傳模式比較復雜,存在X染色體失活,而且男女效應值不大一樣。 其次,也不是所有的表型都是男女有差異的。 再然后,也沒有很好的工具計算性染色體的關聯分析 ...
這是一個新系列 差不多是一年以前,我定導后沒多久,接手了讀研后的第一個課題。合作方是醫院,和我對接的是一名博一的醫學生,最開始兩邊的老師很排斥常規的單細胞文章思路,即各大類細胞分群、注釋、描述,所以起初的幾個月都在摸索一條主線,再后來有主線了,要加實驗驗證,周期有點長。我這邊的分析基本做完 ...
前面我們已經學習了單細胞轉錄組分析的:使用Cell Ranger得到表達矩陣和doublet檢測,今天我們開始Seurat標准流程的學習。這一部分的內容,網上有很多帖子,基本上都是把Seurat官網PBMC的例子重復一遍,這回我換一個數據集,細胞類型更多,同時也會加入一些實際分析中很有用的技巧 ...